統合遺伝子検索GGRNA

つかいかた：

NCBI RefSeq の transcript を全文検索するウェブサーバです。
RefSeq にはゲノム、mRNA、ncRNA、タンパク質のエントリが含まれますが、
GGRNA はこのうち mRNA (IDがNM_, XM_で始まる) および ncRNA (NR_, XR_) を検索します。
元データ：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/complete/complete.*.rna.gbff.gz
大文字・小文字は区別しません。
"PAZ domain" のようにダブルクオートで囲むとフレーズ検索できます。
" lamin " のように前後にスペースを入れると flamingo がヒットするのを防げます。
複数のキーワードをコンマかスペースで区切るとAND検索になります。
このとき、キーワードの順番は結果に影響しません。
ひとつキーワードで10,000件以上ヒットした場合はそのキーワードを無視します。
Advanced search で検索条件を細かく指定できます。
タグ（下記表の緑色の部分）を利用して検索条件を細かく指定することも可能です。

検索タグ一覧：

検索語	説明	エイリアス
refid:NM_001518	RefSeq IDから検索。 "." 以降のバージョン番号は無視される。つまり古い配列 NM_003380.2 を検索しても最新版 NM_003380.3 がhitする。 NM_, XM_, NR_, XR_ で始まる検索語は自動的にrefid:で解釈される。	refseqid: refseq: id:NM_ id:XM_ id:NR_ id:XR_
geneid:10579	Gene IDから検索。数字のみの検索語は自動的にgeneid:で解釈される。	gene:数字 id:数字
symbol:VIM	symbolから検索。 symbolに部分一致するものを返す。 ~~synonymまでは検索しない。~~ synonymに部分一致するものも返す。	name: gene:アルファベットを含む単語
aa:KDEL	アミノ酸配列から検索。
ref:Naito ref:1327585	文献情報のなかからフリーワード検索。 PubMed IDも指定可能。	reference:
probe:1552311_a_at probe:A_23_P101434	アレイのプローブIDから塩基配列を検索。 _at, _stで終わるもの（Affymetrix ID）、 A_で始まるもの（Agilent ID）は自動的に probe:で解釈される。プローブIDが登録されていない場合はフリーワード検索。	probeid:
anot:GO:0006915 anot:[chromatin] anot:"EC 2.3.1.51"	アノテーション情報から検索。・Gene OntologyのIDやtermから検索・酵素のEC番号から検索	annotation: annot:
seq:caagaagagattg seq1:caagaagagattg seq2:caagaagagattgcc seq3:caaggagagatgggacac	塩基配列から検索。 A,T,G,C,Uのみからなる文字列は自動的に seq:で解釈される。UはTとまったく同じ。 seq1:, seq2:, seq3:とすると、それぞれ 1, 2, 3ミスマッチまで許容して検索する。	sequence: sequence1: sequence2: sequence3:
comp:caagaagagattg comp1:caagaagagattg comp2:caagaagagattgcc comp3:caaggagagatgggacac	相補鎖を検索する。 comp1:, comp2:, comp3:でそれぞれ 1, 2, 3ミスマッチまで許容して検索する。	complementary: complementary1: complementary2: complementary3:
both:caagaagagattg both1:caagaagagattg both2:caagaagagattgcc both3:caaggagagatgggacac	入力配列とその相補鎖を検索する。 both1:, both2:, both3:でそれぞれ 1, 2, 3ミスマッチまで許容して検索する。	bothseq: bothseq1: bothseq2: bothseq3:
iub:aggtcannrtgacct iubcomp:aggtcannrtgacct iubboth:aggtcannrtgacct	N, R, Y などのあいまいな塩基を含む塩基配列を検索。あいまい塩基の表記は IUBコードによる。iubcomp:は相補鎖、 iubboth:は入力配列とその相補鎖を検索。	iubseq: → iub:

このサイトのURL：

トップページ
- http://GGRNA.dbcls.jp/ （日本語／英語自動認識）
- http://GGRNA.dbcls.jp/en/ （英語版固定）
生物種はプルダウンメニューから選択できますが、生物種ごとのURLも用意しています。
- http://GGRNA.dbcls.jp/hs/（ヒト）
  hs/ を省略して http://GGRNA.dbcls.jp/ でも可
- http://GGRNA.dbcls.jp/mm/（マウス）
- http://GGRNA.dbcls.jp/rn/（ラット）
- http://GGRNA.dbcls.jp/gg/（ニワトリ）
- http://GGRNA.dbcls.jp/xt/（ツメガエル）
- http://GGRNA.dbcls.jp/dr/（ゼブラフィッシュ）
- http://GGRNA.dbcls.jp/ci/（ホヤ）
- http://GGRNA.dbcls.jp/dm/（ショウジョウバエ）
- http://GGRNA.dbcls.jp/ce/（線虫）
- http://GGRNA.dbcls.jp/at/（シロイヌナズナ）
- http://GGRNA.dbcls.jp/os/（イネ）
- http://GGRNA.dbcls.jp/sc/（出芽酵母）
- http://GGRNA.dbcls.jp/sp/（分裂酵母）

ヒト	マウス	ラット	ニワトリ
ツメガエル	ゼブラフィッシュ	ホヤ	ショウジョウバエ
線虫	シロイヌナズナ	イネ
出芽酵母	分裂酵母

GGRNA REST API:

GGRNAはREST APIを下記のURIから提供しています：
http://GGRNA.dbcls.jp/api/species/query+string[.format]
- species → 生物種の学名の頭文字。hs, mm, etc.
- query+string → URLエンコードしたクエリ文字列
- format → txt または json 。省略時は txt になる
指定できる species および format の種類は下記を参照：
- http://GGRNA.dbcls.jp/api/
使用例：
- http://GGRNA.dbcls.jp/api/hs/NM_001518.txt
  ヒトで「NM_001518」を検索してタブ区切りテキストで取得
- http://GGRNA.dbcls.jp/api/mm/homeobox.txt
  マウスで「homeobox」を検索してタブ区切りテキストで取得
- http://GGRNA.dbcls.jp/api/dm/%22RNA+interference%22.json
  ショウジョウバエで「"RNA interference"」を検索してJSONで取得
  URIでは " は %22、スペースは + にエンコードしている点に注意
- http://GGRNA.dbcls.jp/api/hs/caagaagagattg.json
  ヒトで「caagaagagattg」を検索してJSONで取得

新着情報：

2013-07-26　データベースをRefSeq rel. 60 (Jul, 2013)に更新。
2013-05-07　データベースをRefSeq rel. 59 (May, 2013)に更新。
2013-03-15　データベースをRefSeq rel. 58 (Mar, 2013)に更新。
2013-01-15　データベースをRefSeq rel. 57 (Jan, 2013)に更新。
2012-11-14　データベースをRefSeq rel. 56 (Nov, 2012)に更新。
2012-09-21　データベースをRefSeq rel. 55 (Sep, 2012)に更新。
2012-07-18　データベースをRefSeq rel. 54 (Jul, 2012)に更新。
2012-05-29　下記論文の日本語による解説を「DBCLSからの成果発信」に掲載。
2012-05-29　GGRNAの論文がNucleic Acids Researchに掲載されました。
2012-05-14　データベースをRefSeq rel. 53 (May, 2012)に更新。
2012-03-09　データベースをRefSeq rel. 52 (Mar, 2012)に更新。
2012-02-25　GGRNA REST APIを公開しました (ヘルプページ参照)。
2012-01-13　データベースをRefSeq rel. 51 (Jan, 2012)に更新。
2011-11-17　Advanced Search を公開。検索条件を細かく指定できます。
2011-11-11　データベースをRefSeq rel. 50 (Nov, 2011)に更新。
2011-09-20　ホヤを追加しました。
2011-09-16　外部DBと連携、Gene Ontologyや酵素EC番号で検索可能に (ブログ)
2011-09-16　データベースをRefSeq rel. 49 (Sep, 2011)に更新。
2011-08-17　トップページのURLを http://GGRNA.dbcls.jp/ に変更しました。
2011-08-17　使い方のページを分離してトップページをシンプルにしました。
2011-08-09　「GGRNA活用事例集（アミノ酸配列編）」(ブログ)
2011-08-05　「GGRNA活用事例集（塩基配列編）」(ブログ)
2011-07-29　「Nを含む塩基配列の検索、DB追加＋アップデート」(ブログ)
- N, R, Yなどのあいまいな塩基（IUBコード）を含む検索機能を追加。
- ツメガエル、イネに対応するマイクロアレイのプラットフォームを追加しました。
2011-07-27　ツメガエル、イネを追加。データをRefSeq rel. 48 (Jul, 2011)に更新。
2011-07-04　英語版ページを公開。
2011-06-30　塩基配列やアミノ酸配列がヒットしたときは場所を表示するようにしました。
2011-06-27　サービス名を変更、「統合遺伝子検索GGRNA」(ブログ)
2011-06-09　「アレイのプローブ配列検索を強化」(ブログ)
- 対応するマイクロアレイのプラットフォームを増やしました。
2011-06-02　「マイクロアレイのプローブIDから塩基配列検索」(ブログ)
- マイクロアレイのプローブIDを入力すると、そのプローブの塩基配列をつかって遺伝子を検索。
- AffymetrixヒトU133 Plus 2.0、マウス430 2.0、Agilentヒト4x44K v2、マウス4x44K v2に対応。
2011-05-27　「生物種の追加とデータベース更新」(ブログ)
- ラット、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、シロイヌナズナ、出芽酵母、分裂酵母に対応
- 生物種によってはUCSCやRefEx発現量へのリンクがしぼうしています。ご了承ください。
- データをRefSeq rel. 47 (May, 2011)に更新
2011-05-26　ショウジョウバエ、線虫の遺伝子に対応
2011-05-24　マウス遺伝子に対応
2011-05-18　サイトを暫定公開：「遺伝子をGoogleのように検索できるサイト」(ブログ)
2011-05-16　ヒットした部分の周辺を要約して表示
2011-05-11　検索結果をランキング
- 例えばvimを検索するとKivimaki,Mとかアミノ酸配列のWVVIMMなどが2696件ヒット。
- → そんな場合はsymbol:vimの結果が上位にヒットするように改善する。
- fgf1で検索した場合に、FGF17とかFGF13よりもFGF1を上位に表示したい。