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2025-02-23 11:49:02, GGRNA.v2 : RefSeq release 228 (Jan, 2025)

LOCUS       XM_020880240           15121 bp    mRNA    linear   MAM 18-DEC-2024
DEFINITION  PREDICTED: Odocoileus virginianus argonaute RISC catalytic
            component 3 (AGO3), transcript variant X5, mRNA.
ACCESSION   XM_020880240
VERSION     XM_020880240.2
DBLINK      BioProject: PRJNA926659
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Odocoileus virginianus (white-tailed deer)
  ORGANISM  Odocoileus virginianus
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia;
            Pecora; Cervidae; Odocoileinae; Odocoileus.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_069678) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            On Dec 18, 2024 this sequence version replaced XM_020880240.1.
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_023699985.2-RS_2024_12
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.3
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 12/15/2024
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..15121
                     /organism="Odocoileus virginianus"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="20LAN1187"
                     /db_xref="taxon:9874"
                     /chromosome="5"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="tongue muscle"
                     /ecotype="Illinois"
     gene            1..15121
                     /gene="AGO3"
                     /note="argonaute RISC catalytic component 3; Derived by
                     automated computational analysis using gene prediction
                     method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity
                     to: 1 Protein"
                     /db_xref="GeneID:110129076"
     CDS             132..2012
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X4"
                     /protein_id="XP_020735899.1"
                     /db_xref="GeneID:110129076"
                     /translation="
MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"
     misc_feature    132..473
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(267..269,312..314,354..356,366..368,420..422,
                     441..443,447..449)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    606..1883
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1017..1019,1029..1031,1065..1076,1083..1085,
                     1107..1109,1116..1118,1128..1130,1140..1142)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1221..1223,1227..1229,1437..1439,1851..1853)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     polyA_site      15121
                     /gene="AGO3"
                     /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"
ORIGIN      
cctctggcagcagtgtggagaatagatagaggagaaaaaaactaatctgagaagccagttaggaggctttttcaatcactagttcagtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgatattcataatattgatgagcaaccaagacctctgactgattctcatcgggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggaacagaaacatacctacctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagccacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaagagtttcaatttaaagttcgagatgaaatggctcatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccaatatggaggccggaaccggactgtagcaacaccaagccatggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagtcgaaatcaaaatgtgggctatagcttgctttgccacacagaggcagtgtagagaagaaatactgaagggtttcaccgatcagctgcggaagatttccaaggatgcagggatgcccattcagggccaaccttgcttctgcaaatacgcgcagggggccgacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactcagggctgcagctcattatcgttatcctgcctgggaagacgccagtgtatgcggaggtgaaacgtgtcggagatacacttttgggtatggctacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctgaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccgccagctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctaccgtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggacctcgcctccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaagcctactcgtatcatcttctatcgggatggtgtttcagaggggcagttcaggcaggtattatattatgaactcctagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacctacattgtagttcagaagagacaccacactcgactgttttgtgctgatagaactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacggtcgacacagacattacacacccgtatgagtttgatttttacctctgtagtcatgctgggatacagggtaccagccgaccttcacactatcatgttttatgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctaacttaccagctctgccacacttacgtgcgctgtacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtggcatttagagccagatatcatctcgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaagaatattctctgagaggaagaactggaaaatgaatcgacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgggtgaggatgcctccagccataacagaaaccaacactgtgggggccagggtctgatctttatgttgatacaggaagattgtttacttcatcaaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtatcctgtaggaagtatcgcggttgttttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgaattttttttttaaaactacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaatgatgtgtgcaaaaaaattaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtatattttacatatatacatgcatactgcatatgcatatatatctggatctacactgatagtagatatatatgtatctctgtatatattttatagttcattccatcggggaaccgtcttttcccttttattattctcccaccaccactttcatttttctctctacctccctttcctttatcacctacatttttttcccctgatgctaccagtgacattcaaatattcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacaccctactcctatctcttgtctcatacacaattttgagtcctcaactattggtattgctttcctaagaaacacaattattttatatatacacatatatataaaatatggttttgtgagagtgaatgtctgctccctccagccctcaacttacatttgccatttgtgcaatgtgtacataagcagtagcaccgaaactattctttttctttagtgaatttgttaaagctgctattaaaacaaacaaaaaaaaaaacttgtcaaaagttgtaactctctctataagtgatgctactattctaaagtctctgtttctatgtgttatacatggaactcccttaaagcttttataaagggtaaatgttttacatgattggaatcatgtagggttgaggtctctgaaattgtgtagagagaaggggttgttgaggtttcttttaattttttttgctagtttacttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatttttatatatatgtattgtatatataaacatatatgtatgtgttttgaagcatagcttccttttcttttatatttattagaatagtgctttaataattatagaattgtattggcaacatcttttatagaaatataatcatgtttattttaagacctaacaatttgttttgctctcctttagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgttttacatctttaccacaaatcgtgggagaaacaggcacctccataattttaaaagggcaaagtaatatagccttaatttcagaaggaaagttttataattttcaagtttaaaacatgtcttataaaaatcattatgaaaatgaaggaagttaaatttcctaaatgagtcttgaccttgaatattagaaataaagttgaagaactttgatttaattattgacaataactagcttaagatatagaagacatgtaaatttttgaaaatagctcgtgtttattgaagaatcatactggtgaggtgccagttttcatttactaaaatgagtcaggaaaatataaaatgatatttttaaaactttatttgctgattcgtcactagtgtaactttccttttaaaattagggagatggtgacaaaggaagttaggactttgatcatttgaaatgagttaaatcactgaaatattgaaaaacttttttgcagaacttttgttttattaacttcactttaagatattaaaaaatactataaagctgtcaaaaccgagtttatcagtaaccttggattcaagggagctttgcactttgtaactcatgaaaattgcatttaaattttttttttgcactggttcagagtgtagatattacagattgtttccagtgggcattgttgttaacctttcagaattccatctgcacatgaaaacaaatggattagctctttagtttctctcttacctattatccacataatgccaatttactgtattttgagcctaaaatctgagcccatgtcctccaacaggtatgaaatcttttgtccccctgccagaaaactaagaaagtactgtattttgtatgtttattatattgaagttgctgagatgcaatttacaacactgtttcaaagctctttacataaggtaatgtttgtgtagtatatacatttttctcctaaccatctctcctcctccaaaaaatgtctgtaaaggttgtatttttttttacattgaaatttcactgaatataatccagaacatagacaggagaaggaaatagcatatcttagatatgcttaaaaacctgatggcctatgtttgctcagtatgggtaaaacatcttcctttatcagtgggagtttcacagagtcatgtgggagactttagggcctagggaaaaactgtagataattttcccctgtttacctgctttaactaatttcagtcacctaatctcacatgtgctaaagtaaagcccacaagttaaatctatttagaaggacttttacagaggaaaaaaaaaatttttaacataaagctttacctttgaaatgagttctttatagggtgctcttagagtttcaacattgctagtttaaagttggttaacttgaaagaatatgtatagtatatttctattttgcttactaacaaattggtgtatcaaacttaattataagaaactttgtgcttagaattttaagataaaagactaaatggcacatattttttgaaatttgttttaattgttat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If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
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