LOCUS       XM_042245406           15675 bp    mRNA    linear   MAM 30-OCT-2023
DEFINITION  PREDICTED: Ovis aries argonaute RISC catalytic component 3 (AGO3),
            transcript variant X2, mRNA.
ACCESSION   XM_042245406
VERSION     XM_042245406.2
DBLINK      BioProject: PRJNA739192
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Ovis aries (sheep)
  ORGANISM  Ovis aries
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia;
            Pecora; Bovidae; Caprinae; Ovis.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_056054.1) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            On Oct 30, 2023 this sequence version replaced XM_042245406.1.
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_016772045.2-RS_2023_10
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.2
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon;
                                           cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 10/17/2023
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..15675
                     /organism="Ovis aries"
                     /mol_type="mRNA"
                     /strain="OAR_USU_Benz2616"
                     /db_xref="taxon:9940"
                     /chromosome="1"
                     /sex="female"
                     /tissue_type="Blood, lung, liver"
                     /dev_stage="adult"
                     /collection_date="2015-03-01"
                     /breed="Rambouillet"
     gene            1..15675
                     /gene="AGO3"
                     /note="argonaute RISC catalytic component 3; Derived by
                     automated computational analysis using gene prediction
                     method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity
                     to: 2544 long SRA reads, 4 Proteins, and 100% coverage of
                     the annotated genomic feature by RNAseq alignments,
                     including 21 samples with support for all annotated
                     introns"
                     /db_xref="GeneID:101111326"
     CDS             75..2516
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X2"
                     /protein_id="XP_042101340.1"
                     /db_xref="GeneID:101111326"
                     /translation="

MMESKDLVPECRKWWLREVVDSMVQHFKVTIFGDRRPVYDGKRSLYTANPLPVATTGVDLDVTLPGEGGKDRPFKVSIKFVSRVSWHLLHEVLTGRTLPEPLELDKPISTNPVHAVDVVLRHLPSMKYTPVGRSFFSAPEGYDHPLGGGREVWFGFHQSVRPAMWKMMLNIDVSATAFYKAQPVIQFMCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"

     misc_feature    150..434
                     /gene="AGO3"
                     /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN;
                     pfam16486"
                     /db_xref="CDD:435368"
     misc_feature    462..614
                     /gene="AGO3"
                     /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1;
                     pfam08699"
                     /db_xref="CDD:430160"
     misc_feature    615..977
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(771..773,816..818,858..860,870..872,924..926,
                     945..947,951..953)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    1110..2387
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1521..1523,1533..1535,1569..1580,1587..1589,
                     1611..1613,1620..1622,1632..1634,1644..1646)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1725..1727,1731..1733,1941..1943,2355..2357)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     polyA_site      15675
                     /gene="AGO3"
                     /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"
ORIGIN      

gatgtctacctctatgaggtagatattaaaccagacaagtgtcctaggagagtgaacagtctgtgcaccagagcatgatggaatcaaaagacttggtaccagaatgtaggaagtggtggttgagggaggtggttgactcaatggttcagcattttaaagtgactatatttggggaccgtagaccagtttatgatggaaaaagaagcctttacacagccaatccacttcctgtggcaactacaggggtggatttagatgttactttacctggagaaggtggaaaagaccgacctttcaaagtgtcaatcaaatttgtctctcgggtgagttggcacctactccatgaagtactgacaggacggaccttgcccgaaccactggaattagacaagccaatcagcactaaccctgtccatgccgttgacgtggtgctacgacatctgccctccatgaaatatacacctgtggggcgttcgtttttctcagctccagaaggatacgaccaccctctgggagggggcagggaagtttggtttggatttcatcagtctgttcggcctgccatgtggaaaatgatgcttaatattgatgtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgatatacataatattgatgagcaaccaagacctctgactgattctcatagggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggaacagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagccacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaagagtttcaatttaaagttcgagatgaaatggctcatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccaatatggaggccggaaccggactgtagcaacaccaagccacggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcaatgtagagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcggaagatttccaaggacgcagggatgcccatccagggtcagccttgcttctgcaaatacgcgcaaggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactcagggctgcagctcattattgttatcctgcccgggaagacaccagtgtatgctgaggtgaaacgtgtcggagatacacttttgggtatggctacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctgaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccgcccgctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctaccgtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggaccttgcttccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaagcctactcgtatcatcttctatcgggatggtgtttcagaggggcagttcaggcaggtattatattatgaactcctagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacctacattgtagttcagaagagacaccacactcgactgttttgtgctgatagaactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacggtcgacacagacattacccacccgtatgagtttgatttttacctctgtagtcatgctgggatacagggtaccagccgaccttcacactatcatgttttgtgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctgacctaccagctctgccacacttacgtgcgctgcacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtggcgtttagagccagataccatctcgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaaggatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcgacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgggtgaggatgcctccagccatacagaaaccaacactgcgtgggggccagggtctgatttcatgttgatgcaggaagattgtctacttcgtcgaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcggttgttttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgaaggttttttttttaaaaaaactacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaatgatgtgtgcaaaaaaattaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtgtattttacatatatacatgcataccgcatatgcatatatatctggatctacactgacagtggatatatatgtatctctgtatatattttacagttcattccatcggggaaccgtctttcccttttattattctcccaccgccactttcatttttctctctacctcccttgccgcatttttttcccctgatgctaccagtgacattcaaatattcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacaccctactcctatctcttgtctcatacacaatttggagtcctcaactcttggtattgctttcctaagaaacaaaattattttatatatacatatatatatatatatatataaaatatggttttgtgagagtgaatgtctgccccctccagccctcagcttacatttgccatttgtgcaatgtgtatataagcagtagcacctaaactgttctttttctttagtgaatttgttaaagctgctatcaaaaaaaaaaaaaaaaaacttgtcaaaagttgtaactcctctataactgatgctactattctaaagtcttctgtttctatgtgttatacatggaaatcccttaaagcttttataaagggtaaatgttttacatgattggaatcgtgtagggttgaggtctctgaaattgggtagagagaaggggttgttgaggtttcttttaactttttttgctagtttacttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatttttatatatatgtgttgtatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttttatatttattagagtagtgctttaataattatagaatcgtattggcaacatcttttataggaatataatcatgtttattttaagaactgacgatttgtttttgctctcttttagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgttttacatctttaccacaaatcgtgggagaaacaggcacctccataattttaaaagggcaaagtaatatagccttaatttcagaaggaaagttttataattttcaagtttaaagcatgtcttataaaaatcattatgaaaatgaaggaagttaaatttcctaaatgagtcttgaccttgaatattagaaataaagttgaagaactttgatttaattaatgacaatgactagcttaagatatagaagacatttaaatttttgaaaagagctcgtgtttgttgaagaatcatactggtaagctgccagttttcatctactaaaacgagtcaggaaaatataaaatgatatttttaaaactttatttgctaattcatcactagtgtaactttccttttaaaattagggagatggtgacaaaggaagttaggattttgatcatttgaaatgagttaaatcactgaaatgttgaaaaacttttttgcagaacttttgttttattaacttcactttaagatcttaaaaaatactataaagctgtcaaaaccgagtttatcagtaaccttggattcaagggagctttgcactttgtaactcatgaaaattgcatttaaattttttttttttttgcactggttcagagtgtagatattacagattgtttccagtgggcattgttgttaacctttcagaattccatctgcacatgaaaacaaatggattagctctttagtttctctcttacctattatccacgtaatgccaatttactgtattttgagcctaaaatctgagcccatgtcctccaacaggtatgaaatcttttgtccccctgccagaaaattaagaaagtactgtattttgtatgtttattatattgaagttgctgagatgcaatttacaacactgtttcaaagctctttacataacgtaatatttgtatagtatatacatttttctcccaaccgcctctcctcttccaaaaaatgtctataaaggttgtatttttttttttacattga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