LOCUS       XM_065011142            3006 bp    mRNA    linear   VRT 07-MAY-2024
DEFINITION  PREDICTED: Oncorhynchus nerka streptococcal hemagglutinin-like
            (LOC135565109), partial mRNA.
ACCESSION   XM_065011142
VERSION     XM_065011142.1
DBLINK      BioProject: PRJNA1106039
KEYWORDS    RefSeq; includes ab initio.
SOURCE      Oncorhynchus nerka (sockeye salmon)
  ORGANISM  Oncorhynchus nerka
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Protacanthopterygii;
            Salmoniformes; Salmonidae; Salmoninae; Oncorhynchus.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_088422) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_034236695.1-RS_2024_05
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.2
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 05/02/2024
            ##Genome-Annotation-Data-END##
            
            ##RefSeq-Attributes-START##
            ab initio :: 7% of CDS bases
            ##RefSeq-Attributes-END##
            COMPLETENESS: incomplete on the 5' end.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..3006
                     /organism="Oncorhynchus nerka"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="Pitt River"
                     /db_xref="taxon:8023"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="multiple tissues"
                     /dev_stage="adult"
                     /geo_loc_name="Canada: Langley BC"
                     /collection_date="2020-06-06"
                     /collected_by="Lawrence J. Albright"
                     /linkage_group="LG27"
     gene            <1..3006
                     /gene="LOC135565109"
                     /note="streptococcal hemagglutinin-like; Derived by
                     automated computational analysis using gene prediction
                     method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity
                     to: 1 Protein"
                     /db_xref="GeneID:135565109"
     CDS             <1..3006
                     /gene="LOC135565109"
                     /codon_start=1
                     /product="streptococcal hemagglutinin-like"
                     /protein_id="XP_064867214.1"
                     /db_xref="GeneID:135565109"
                     /translation="

ASIAPSTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSASTGTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSIAPSTSASIAPSSSSASIAPSSSASAPSSSPSSSASSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASIATSASTVSASIAPSTSASIAPSSSASIAPSTSASIATSASTGTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASIAPSTSASIATSASTATSASIAPSSSASIAPSSSASILSASIAPSSSASIAPSTSASIAPSSSASIAPSTSASIATSASTGTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIATSASSASIAPSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSASPPTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPFTSASIAPSSSALYRSASTSASIAPSSYSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASIATSASTSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSSSASIAPSTSASIAPSSSASIATSASTGTSASIAPSSSASIAPSTSTSSSSSIVPSTATSASTSASIAPSSSASIAPSTSASIATSASTGTSASIAPSSSASIAPSSGSWRQARGEYGGEGAAVDQLNVSIWSSGLVSAGYSPPAQSGSANAAVDTARQRHVYFYTSW"

ORIGIN      

gcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctcttctgcctctaccggtacctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagctcttctgcctctatcgctccctctagctctgcctccgctccctctagctctccctctagttctgcctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctacttctgcctctaccgtctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctacttctgcctctaccggtacctctgcctctatcgctccctctagttctgcttctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctacttctgcctctaccgctacctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcctctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctacttctgcctctaccggtacctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacttctgcctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctacttctgcctcttctgcctctatcgctccctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccttcttctgcctctcctcctacctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctttacctctgcctctatcgctccctctagttctgctctctatcgctctgcctctacctctgcctctatcgctccctctagctactctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctacttctgcctctacctctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagttctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctacttctgcctctaccggtacctctgcctctatcgctccctctagttctgcttctatcgctccctctacctctacctctagctcctcctctatcgttccctctaccgctacctctgcctctacctctgcctctatcgctccctctagctctgcctctatcgctccctctacctctgcctctatcgctacttctgcctctaccggtacctctgcctctatcgctccctctagttctgcttctatcgctccctctagtggcagctggaggcaggccaggggagagtatggaggagagggggctgccgtggatcagctaaatgtgagcatctggagcagcgggctggtctctgccggctacagccctccggctcagagtggcagtgccaacgcagccgtagacaccgcccgccaacgccatgtttatttttacaccagctggtga

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