2024-11-15 19:50:08, GGRNA.v2 : RefSeq release 226 (Sep, 2024)
LOCUS XM_018041542 15262 bp mRNA linear MAM 08-SEP-2016 DEFINITION PREDICTED: Capra hircus argonaute 3, RISC catalytic component (AGO3), transcript variant X4, mRNA. ACCESSION XM_018041542 VERSION XM_018041542.1 DBLINK BioProject: PRJNA340281 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Capra hircus (goat) ORGANISM Capra hircus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Caprinae; Capra. COMMENT MODEL REFSEQ: This record is predicted by automated computational analysis. This record is derived from a genomic sequence (NC_030810.1) annotated using gene prediction method: Gnomon, supported by mRNA and EST evidence. Also see: Documentation of NCBI's Annotation Process ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Capra hircus Annotation Release 102 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 7.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..15262 /organism="Capra hircus" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:9925" /chromosome="3" /sex="male" /tissue_type="blood" /dev_stage="adult" /breed="San Clemente" gene 1..15262 /gene="AGO3" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 2 mRNAs, 34 ESTs, 1 Protein, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 5 samples with support for all annotated introns" /db_xref="GeneID:102180449" CDS 247..2127 /gene="AGO3" /codon_start=1 /product="protein argonaute-3 isoform X4" /protein_id="XP_017897031.1" /db_xref="GeneID:102180449" /translation="
MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"
misc_feature 247..588 /gene="AGO3" /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is an endonuclease that plays a key role in the RNA interference pathway. The PAZ domain has been named after the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region: PAZ_argonaute_like; cd02846" /db_xref="CDD:239212" misc_feature order(382..384,427..429,469..471,481..483,535..537, 556..558,562..564) /gene="AGO3" /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide binding]; other site" /db_xref="CDD:239212" misc_feature 721..1998 /gene="AGO3" /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is the central component of the RNA-induced silencing complex (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the C-terminal portion of Argonaute and consists of two subdomains, one of which provides the...; Region: Piwi_ago-like; cd04657" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1132..1134,1144..1146,1180..1191,1198..1200, 1222..1224,1231..1233,1243..1245,1255..1257) /gene="AGO3" /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1336..1338,1342..1344,1552..1554,1966..1968) /gene="AGO3" /note="active site" /db_xref="CDD:240015" ORIGIN
gttttaaaaaattaatgaaatagaaaacaaatttacctctatcctgtacataggaagacttcaaaaattttaaagaaggatagtgacatgatcatatttgttttccagaaagagacctctggcagcagtgtggagaatagatagaggagaaaaaaactaatctgagaagccagttaggaggctttttcaatcactagttcagtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgatatacataatattgatgagcaaccaagacctctgactgattctcatagggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggaacagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagccacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaagagtttcaatttaaagttcgagatgaaatggctcatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccaatatggaggccggaaccggactgtagcaacaccaagccatggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgtagagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcggaagatttccaaggacgcagggatgcccatccagggtcagccttgcttctgcaaatacgcgcaaggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactcagggctgcagctcattattgttatcctgcccgggaagacgccagtgtatgcggaggtgaaacgtgtcggagatacacttttgggtatggctacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctgaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccgcccgctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctaccgtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggacctcgcttccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaagcctactcgtatcatcttctatcgggatggtgtttcagaggggcagttcaggcaggtattatattatgaactcctagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacctacattgtagttcagaagagacaccacactcgactgttttgtgctgatagaactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacggtcgacacagacattacccacccgtatgagtttgatttttacctctgtagtcatgctgggatacagggtaccagccgaccttcacactatcatgttttgtgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctcacctaccagctctgccacacttacgtgcgctgcacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtggcgtttagagccagataccatctcgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaaggatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcgacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgggtgaggatgcctccagccatacagaaaccaacactgcgtgggggccagggtctgatttcatgttgatgcaggaagattgtctacttcgtcgaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcggttgttttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgaaggttttttttaaaaatacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaatgatgtgtgcaaaaaaattaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtgtattttacatatatacatgcataccgcatatgcatatatatctggatctacactgacagtggatatatatgtatctctgtatatattttacagttcattccatgggggaaccgtctttcccttttattattctcccaccgccactttcatttttctctctacctcccttgccacatttttttcccctgatgctaccagtgacattcaaatattcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacaccctactcctatctcttgtctcatacacaatttggagtcctcaactcttggtattgctttcctaagaaacaaaattattttatatatacatatatatatatatataaaatatggttttgtgagagtgagtgtctgccccctccagccctcagcttacatttgccatttgtgcaatgtgtatataagcagtagcacctaaactgttctttttctttagtgaatttgttaaagctgctattaaaaaaaaaaaaaaacttgtcaaaagttgtaactcctctataactgatgctactattctaaagtcttctgtttctatgtgttatacatggaaatcccttaaagcttttataaagggtaaatgttttacatgattggaatcgtgtagggttgaggtctctgaaattgggtagagagaaggggttgttgaggtttcttttaattttttttgctagtttacttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatttttatatatatgtgttgtatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttttatatttattagagtagtgctttaataattatagaatcgtattggcaacatcttttatagaaatataattgtttattttaagaactgacgatttgtttttgctctcttgtagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgttttacatctttaccacaaatcatgggagaaacaggcacctccgtaattttaaaagggcaaagtaatatagccttaatttcagaaggaaagttttataattttcaagtttaaagcatgtcttataaaaatcattatgaaaatgaaggaagttaaatttcctaaatgagtcttgaccttgaatattagaaataaagttgaagaactttgatttaattaatgacaatgactagcttaagatatagaagacatttaaatttttgaaaagagctcgtgtttgttgaagaatcatactggtaagctgccagttttcatctactaaaacgagtcaggaaaatataaaatgatatttttaaaactttatttgctaattcatcactagtgtaactttccttttaaaattagggagatggtgacaaaggaagttaggattttgatcatttgaaatgagttaaatcactgaaatgttgaaaaacttttttgcagaacttttgttttattaacttcactttaagatcttaaagaatactataaagctgtcaaaaccgagttaatcagtaaccttggattcaagggagctttgcactttgtaactcatgaaaattgcatttaaatttttttttttttttgcactggttcagagtgtagatattacagattgtttccagtgggcattgttgttaacctttcagaattccatctgcacatgaaaacaaatggattagctctttagtttctctcttacctattatccacgtaatgccaatttactgtattttgagcctaaaatctgagcccatgtcctccaacaggtatgaaatcttttgtccccctgccagaaaattaagaaagtactgtattttgtatgtttattatattgaagttgctgagatgcaatttacaacactgtttcaaagctctttacataacgtaatatttgtatagtatatacatttttctcccaaccgcctctcctcctccaaaaaatgtctataaaggttgtatttttttttttacattgaaatttcactgaatataatccagaacatagacaggagaaggaaatagtatatcttagatggtaaaaacctgatggtgtatgtttgctcagtatgagtaaaacatcgtccttaatcagtgagagtttcacagattcatgtgggagactttagggcctagggaagaactgtagataattttcccgtttacctgctttacctaatttcagtcacctaatctcacatgtgctaaagtaaagcccacaatttaaatctatttagaaggacttttacagaggaaaaaaaatttttttaacataaagctttacctttgaaatgagttctttatagggtgctcttagagtttcaacattgctagtttaaagttggttaacttgaaagaatatgtatagtatatttctattt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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596.
[Full Text]