2024-11-01 08:52:53, GGRNA.v2 : RefSeq release 226 (Sep, 2024)
LOCUS XR_009720568 6883 bp RNA linear INV 07-DEC-2023 DEFINITION PREDICTED: Saccostrea echinata uncharacterized LOC133182973 (LOC133182973), ncRNA. ACCESSION XR_009720568 VERSION XR_009720568.1 DBLINK BioProject: PRJNA1046542 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Saccostrea echinata ORGANISM Saccostrea echinata Eukaryota; Metazoa; Spiralia; Lophotrochozoa; Mollusca; Bivalvia; Autobranchia; Pteriomorphia; Ostreida; Ostreoidea; Ostreidae; Saccostrea. COMMENT MODEL REFSEQ: This record is predicted by automated computational analysis. This record is derived from a genomic sequence (NW_026889758) annotated using gene prediction method: Gnomon. Also see: Documentation of NCBI's Annotation Process ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI RefSeq Annotation Status :: Full annotation Annotation Name :: GCF_033153115.1-RS_2023_12 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 10.2 Annotation Method :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA Annotation Date :: 12/02/2023 ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..6883 /organism="Saccostrea echinata" /mol_type="transcribed RNA" /isolate="AGI-Se365-2" /db_xref="taxon:191078" /chromosome="Unknown" /tissue_type="muscle" /ecotype="Australia" /geo_loc_name="Australia" /collection_date="2022" gene 1..6883 /gene="LOC133182973" /note="uncharacterized LOC133182973; Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon." /db_xref="GeneID:133182973" ncRNA 1..6883 /ncRNA_class="lncRNA" /gene="LOC133182973" /product="uncharacterized LOC133182973" /db_xref="GeneID:133182973" ORIGIN
ctttgatcccactgtggaaaacaactcgattactcatcaggaagagttcagctatagcaaggatcaacggcagataactttggaagaaaggaataaggagcaacagagccaatcagaagcaagaggacaaagttaattactacttgaagcctggtagtcttgtaaaggtttggtttttgtcttaaaaaccagtcataaggtgagcttttttgttttatttgcatatatttctgtttccctctccctgccctttctaaccattactaacctgcactttccttatacagttgtttgtgtcctttccccagaaatgtatttgttatgtctttttttttttggtgatttataaattgatatatattatcatctgtcattgtttctgaaatgtactaattttgtgtcagtttccatcttcaacaggttctcggtagaggaatggacagctagttgccgactacaaatcaaagacaagagcattgagaggatcaaggatactgggtatatatccaccaagcctacaggccattactggccaaaatgaataatggtaagggaagccttgatcctatggtggagaaataattccattactcgatcatcaacagaaatcttatgtagcagggatcaactgcagccagccatggaagaaaagtgaggaagcagcataataacgaagctggctgtacgagcaatgagcccggttaattagaaatagtgcatcacctgccagcaagagtacataaagctagaattaactgttgccaacccagcagttgaagaaggagggattggcttgcattgacccatcagtaaagaggaatcttctcgtaactgaggccaacttaacatgatgtggatgattgttgagcagcagagccaatcataagcaagagaacatggaatgactggaagtctggaaaaggtttggtttttgtattaaaaacctgacataaggtgagctttttttttcctttacatatttctgtattttgtctttcctaccccatctaacattactaacccttttgcactttccctttaaaattgttcgtgtccctttccttaatatgtgtcataattttctgatttatgcatttaaaagtattatcttctgttatttttcatcaattgttttggaaatgtactaatcttttgtcagtttctatatttgacagggtttccgtggagggatggacagatggtggatggaaactaactgaagaggagaccattgcaaggatccaggatacagggtatccacaaatctacagctacaggccatcattggtcaaaaagaagcatggttatcaagttttatcccaccttggagcagcaacccccattattcatcaagagaaatctagagagctaggatcagctgctgccaatcatagaagaaaggatacagtgacagacagtcccctatctgcagattaggaagagtgtatcaccgactgcgaccagccctgcagatgaattattaggcagtgtgttgacaagcctccacccaatgttcaagtcaagatacgtgttttagaggaggagtttaagactactgattgactgctgcttaaactagaagcagatggttaaggtgacctgaattccatgttcaagagcctacagactgtcatacaataaccagaggttaaggatagaacaggtgcctaacctaaaaagctccatcctaagtcttgggagagcctgatagacggaagaagagtctggacaggagagactgactgcagcttaagcccttcagtgaagacaaatgcctaatgatatggatcgactttccgtaaaggatacagcaaggaaggacatggtcaaagattcggaagataggacattacatcatgaactattacatatgtatgtgtgtgtgttttgttgttgttgttatgttgtttttgttcaggatagatcattgtaaattctgttgtcacaaacctagctgataacagtgtgttagtcctgcttcatattctgttattatgattgctatatgatgtcatagtttttttgatccgcctgtctcatctctctggtagcttatttcctggttttagagcagtctcagaagacatagaaattttaaacattcatattgaaattaattaaagcccttgaggtaccctttaggtaggtcacaatgacttgcctcattaaggacaaattaaaaccagtatccatgacattcagagtgtctttatcccccatcaaatgtttgatatgctcatatgttgtgctgcatttaagagaatttcatttggggtaaagctaaaagtttaatggtatttttgttaaggttaaactgggtgctaaaacaagtagcattttgtatccttgataaaagtgtgcctggtctgattaacagtcagttttgaacactatagtgttcatggtgtggacatgcaccttgagtgcttatatgcagatttgaatctgcacttatgtcctgattttgtatatattatgtctgttgggacaactctgattgattcttttcctgtggctttgtgccatattctgatgtttgttaaaaaattccaacatatttcttaattgccttttgccagtttccactatggaatttatgattgtgcaacagaatttgaaattttgccagtgaggtgacttatttatgtgctgaaattttcctggatactaaaacggtgtgtgcctattttggaatttgactgtgttcttgaaaatttatagctagcataaataagctgcctttctgacatgatttcctgtattcccatttataatgtattaaaattgaggggcatgacatacctcttaagtaggtcacaatgaccttattttagtataagctgaacttgcttttttgcttttccagttttgattatagcattaagtacactgtgatgcctaaaatatagattgagcccaagtttaggtcacgttgaccttgagacacgtatcttaaaaggttctccaatttgatgtgttattgggataacttaaccttaatatgttaatcaagtaaccttgatatgttaagtcaggaaacttaatcatggtatgtaaatcagataacttcacttaaccttggtatgttaaacaggtttaacttaaccttgacattttaatccggcttagaattttcaattctgtctactgatgtgtgtaggatgctgaaggatgatattgcattatatatatctatttaaatcagatgactttcctcattttagaattatataaccttgcttatttcctttcccattttggattgtatcatttccattgttatacttaagatattggaacctttcgcttaatgcaacttaatttatagatcataatttagtgctggtacagataccatttcatattcctgatgaaaatatgcctgatctggataatgtcctaagtgaacatctataatgttcatatttggtgtttgtgcttatcttgtgcttataagcaagctatttggaattctgtcttgaaagtatgccccgattaggttctacttttgataggatagttctttatttgctctggctttgtgtcatattattaagtttgtggagtttgttaaacaaagcatttccattagatcccatgattgtcagtttccactatgaaaactgtgaatatgcaagagtttaaaacttgtgccagggaggtgacatatttatgcactgaaattttcttggatgctaaaacggtgtgtgcctatatttttgtggatttgattgtgttcttgaaaatttttagttggtgaatatgctgcctttctgacacggttctgactccccgtaaattatacagacttttgtaaattatacagacttaaaattgaagcacttaatggaacacagctctatgtaggtcacagtgacctacgttatttggaattggctaatttgtgctgtttgcttatatcatttcgcctgtaagttactgtattgaatcttgtcttttgaagcattttcaggaaagtgtgtggaaaaaaaaaccttatttatagatcacaatgacctgtgtattatatcattgaaaattgataatcatgacatgaagtccttaagagattttgaacgttatatgtcattggatgacaattctgttttaggacaatgtgttgcaaaacaccttctccatttttggaatttgctaaccttggttttgttttcatttcaacaacttacaattcactgtaatttaatcctacaggatataatttactttgtcacttgatgtttaggacattgtgatttccagccttattgtaggtcactatgacctccaaaaatatacatatatatgatgcacatcactggaagatagataacaccaaagatcattatttttatttatcacatttacttataaaacaatatttgaagaatttgtattcaggtagggtagtggtgagcgcactcatttctgaccaatgctacccaattgggggatagagaagggtggtacatgggggactttataggatgggtttgtctggaccatgggttctctaggtatagctctagcttcctcccacattcaacaccagcttgtttcttcatctgtcagtttaaaatatcaactacctgtttagtgtttgatgtgtgcatttactcactgtgagtgaaatttcattttcttgggtattcattgtatttgagtagggttaagagtttgattatagtagttctatgattatatgataggtatttcaaacttcatgcacttcattgctaatacagacaccattaattgtgtacttatactgatagaagtttacctgataaggggagctatccgggcatctgaatatcttgtatgttcatctttgctttcaacttgcacatctggtgcttacatgtacactgtaattttttgcagttgaaacttattgtccctattcatagtatccattgtgttagctaggatatcagatttaattgctcgatctggctttgtgctatattctagtgtttgttgattacagcaattatccatca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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596.
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