LOCUS       XM_067725477           15002 bp    mRNA    linear   MAM 25-AUG-2024
DEFINITION  PREDICTED: Pseudorca crassidens argonaute RISC catalytic component
            3 (AGO3), transcript variant X7, mRNA.
ACCESSION   XM_067725477
VERSION     XM_067725477.1
DBLINK      BioProject: PRJNA1150643
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Pseudorca crassidens (false killer whale)
  ORGANISM  Pseudorca crassidens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha;
            Cetacea; Odontoceti; Delphinidae; Pseudorca.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_090297) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_039906515.1-RS_2024_08
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.3
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 08/23/2024
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..15002
                     /organism="Pseudorca crassidens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="mPseCra1"
                     /db_xref="taxon:82174"
                     /chromosome="2"
                     /sex="male"
                     /cell_line="PCf002"
                     /tissue_type="Fibroblasts cultured from skin"
                     /dev_stage="adult"
                     /geo_loc_name="USA: Kona, Hawai'i"
                     /lat_lon="19.50622 N 156.6264 W"
                     /collection_date="2019-10-31"
                     /collected_by="Cascadia Research Collective, Robin W.
                     Baird"
     gene            1..15002
                     /gene="AGO3"
                     /note="argonaute RISC catalytic component 3; Derived by
                     automated computational analysis using gene prediction
                     method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity
                     to: 7 Proteins"
                     /db_xref="GeneID:137218501"
     CDS             75..1955
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X4"
                     /protein_id="XP_067581578.1"
                     /db_xref="GeneID:137218501"
                     /translation="

MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"

     misc_feature    75..416
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(210..212,255..257,297..299,309..311,363..365,
                     384..386,390..392)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    549..1826
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(960..962,972..974,1008..1019,1026..1028,1050..1052,
                     1059..1061,1071..1073,1083..1085)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1164..1166,1170..1172,1380..1382,1794..1796)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     polyA_site      15002
                     /gene="AGO3"
                     /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"
ORIGIN      

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