LOCUS       XM_021093291           16554 bp    mRNA    linear   MAM 13-MAY-2017
DEFINITION  PREDICTED: Sus scrofa argonaute 3, RISC catalytic component (AGO3),
            transcript variant X4, mRNA.
ACCESSION   XM_021093291
VERSION     XM_021093291.1
DBLINK      BioProject: PRJNA28993
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Sus scrofa (pig)
  ORGANISM  Sus scrofa
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Suina; Suidae;
            Sus.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_010448.4) annotated using gene prediction method: Gnomon,
            supported by EST evidence.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Version          :: Sus scrofa Annotation Release 106
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 7.4
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..16554
                     /organism="Sus scrofa"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="TJ Tabasco"
                     /db_xref="taxon:9823"
                     /chromosome="6"
                     /sex="female"
                     /breed="Duroc"
     gene            1..16554
                     /gene="AGO3"
                     /note="eukaryotic translation initiation factor 2C, 3;
                     Derived by automated computational analysis using gene
                     prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes
                     similarity to: 28 ESTs, 109 long SRA reads, 3 Proteins,
                     and 99% coverage of the annotated genomic feature by
                     RNAseq alignments, including 62 samples with support for
                     all annotated introns"
                     /db_xref="GeneID:100499509"
     CDS             992..2872
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X2"
                     /protein_id="XP_020948950.1"
                     /db_xref="GeneID:100499509"
                     /translation="

MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"

     misc_feature    992..1333
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(1127..1129,1172..1174,1214..1216,1226..1228,
                     1280..1282,1301..1303,1307..1309)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    1466..2743
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1877..1879,1889..1891,1925..1936,1943..1945,
                     1967..1969,1976..1978,1988..1990,2000..2002)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(2081..2083,2087..2089,2297..2299,2711..2713)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
ORIGIN      

tagtctcgtgctgcctcccgacggccgatcttcctgacgggagctttcagagtgcggttgctgaggagaagctgtcgccaccccgcctccgggccgagtgagggttcctgtcgcgccgcgtcgctccctgcgccgccaccttgccctcagtggcgggcgcccttctcgctcgaagcactccccccagctccatgaatggaaatcggctccgcaggacccgttggggcccagcccctactcatggtgcccagaagacctggctatggcaccatgggcaaacccattaaattgctggctaactgttttcaagttgaaatcccaaagattgatgtctacctctatgaggtagatattaaacctgacaagtgtcctagaagagtgaacagggaggtggttgactcaatggttcagcattttaaagtaactatatttggggaccgtagaccagtttatgatggaaaaagaagcctttacacagccaatccacttcctgtggcaactactggggtagatttagatgttactttgcctggggaaggtggaaaagatcgacctttcaaggtgtcaatcaaatttgtctctcgggtgagttggcacctactacatgaagtactgacaggacggaccttgcctgagccactggaattagacaagccaatcagcactaatcctgtgcatgctgttgatgtggtgctacgacatctgccctccatgaaatatacgcctgtggggcgttcctttttctcagctccagaaggatatgaccaccctctaggagggggcagggaagtttggtttggattccatcagtctgttcggcctgccatgtggaaaatgatgcttaatattgatgaaagagacctctggcagcagtgtggagaatagatagaggagaaaaaaactaatctgagaagccagttaggaggctttttcaatcactagttcagtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgacattcataatattgatgaacaaccaagacctctgactgattctcatcgggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaaccgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacatcttccctgtctgcaagtggggcaggagcagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaacattgtggcagggcagcgatgtatcaagaagctaacagacaatcaaacctccactatgatcaaagcaacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaggagtttcaatttaaagttcgggatgaaatggcccacgtaaccggacgtgtacttccagcacctatgctacagtatggaggccggaatcggacagtagcaacaccaagccacggagtatgggacatgagagggaaacaattccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgccgagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcgtaagatttccaaagatgcagggatgcctatccagggccagccttgcttctgcaaatatgcgcaaggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactctgggctgcagctcattattgtcatcctgccaggaaagacgccagtgtatgcggaggtgaaacgtgttggagatacacttttgggtatggccacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaatctgtgcctaaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatttttttgggagcagatgtcactcatccaccagccggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctacagtaagagttcagagaccccgtcaggagatcatccaggaccttgcctccatggtccgagaacttctcattcaattttataagtcaactcggttcaaacctactcgtatcatcttttatcgggatggtgtttcagaggggcaatttaggcaggtattgtattatgaactactagcaattcgggaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacttacattgtagttcagaagagacatcacactcgattattttgtgctgataggactgaaagggttggaagaagtggaaatatcccagctggaacaacagttgatacagacattacacacccatatgagtttgatttttacctctgtagccatgctggaatacagggtaccagccgtccttcacactatcatgttttatgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctaacttaccagctctgccacacttatgtgcgctgtacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtagcatttagagccagatatcatctcgtggacaaagagcatgacagtgctgaaggaagtcatgtttcaggacagagcaacggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacaaattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaagaatattctctgaaaggaagaactggaagatgaatttacatacaacttatgtttccagtgaagtccattgagtgggaatgcctccagccatacagaaaccaacactgtgtgggggccagggtctgatctttatgctgatacaaggaagattgtttacttcatcaaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgctttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcaattgttttgttttcactttcttgtagtcaaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgatggtttttaaaaaaaacacagctatatgaataatcaaagtgattgttcacaagttatgtgtgcaaaaaattaatgtgtattcgtgtatccttgtaaacggtatctgtatattttacatatatacatgcatactgcatatgcatatatatctggatctacattgataatagatatatatgtatccgtgtatatattttacagttcattccattggggaactttctttcccttttattatcctcccactaccacttttatttctctctctacctcccttgccttcatcacctacattttttttcctgatgctaccagtgacattcaaatgttcatgtatccggttcatttgaaaatgaagcatggcaaactagatttttatttttattttgcacaccatactcctgtctcttgtctcatacacaattccgagtcctcaactcttagtattgctttcttaagaaacaagattattatatatatgtttttgtgagagtgaatgttcgccccttcctgctctgaacttacatttgccattcgtgcaatgtgtacataagcagtagcaacccaaactattcattttccttagcgagtttgttaaagctgctataaatatttaaaaaaaaaaaaaaccttgtcagaaggtataactctctctctataagtgatatgtatcctaaagccttctgtttctatgtgttatacatagaaatcccttaaagcttttataaagggtaaatattttaagtgattggaactgcatagggttgaggcctctgaaattgggtggagagaaggggttgttgaggtttcttttattttttatttttttgctagtttacttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatatttttatatatatgtgtgtatatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttttatatttattagaatagtgctttaataattatagaatcgtattggcaacatcttttatagaaatataatcatgtttattttaagaactgacttgtttttgctctcttttagtgcaataagcagttttaaaagaaagccgtgtctgtttgacatctctaccacacatagtgggagaaacaggcacctccataattttacaagggcaaagtaatacagccttaatttcagaaggaaagttttgtaattttcaagtttaaagcacgtcttttaaaaatcataatgaaaatgagggaagttaattttcctaagtgagtctgaccttgaatattagaaaaaaagttgaagaactttgatttaagtaatgacaatgactagcttaagatttagaagacatttaaattctttgaaaatagatatttattgaagaatcatactggtgaggtacccatcttcatttactaaaatgagtcaggaaaatataaaatgatatttttaaaagtttttttgctaattcgtcaccggtataactttccttttaaaattaaggtgaaggtgacaaaggcagttaggactttgatcattctaaatgagttaaatcactgaaatgttgaaaaaacttttgcaaaactattgttttattgactttaagatattaaaaagtactctgaagctgttaaaaccaagttcatcagtaaccttggattcaggggagctttgcactttgtgactcatgaaaattgcattttattttttttttttttttttttttttttttgcactggttcagagtctaggtattatggagtgtttccagtgggc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