2024-04-26 22:54:19, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)
LOCUS XM_018041526 15697 bp mRNA linear MAM 08-SEP-2016 DEFINITION PREDICTED: Capra hircus argonaute 3, RISC catalytic component (AGO3), transcript variant X2, mRNA. ACCESSION XM_018041526 VERSION XM_018041526.1 DBLINK BioProject: PRJNA340281 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Capra hircus (goat) ORGANISM Capra hircus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Caprinae; Capra. COMMENT MODEL REFSEQ: This record is predicted by automated computational analysis. This record is derived from a genomic sequence (NC_030810.1) annotated using gene prediction method: Gnomon, supported by mRNA and EST evidence. Also see: Documentation of NCBI's Annotation Process ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Capra hircus Annotation Release 102 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 7.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..15697 /organism="Capra hircus" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:9925" /chromosome="3" /sex="male" /tissue_type="blood" /dev_stage="adult" /breed="San Clemente" gene 1..15697 /gene="AGO3" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 3 mRNAs, 34 ESTs, 2 Proteins, and 100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 1 sample with support for all annotated introns" /db_xref="GeneID:102180449" CDS 121..2562 /gene="AGO3" /codon_start=1 /product="protein argonaute-3 isoform X2" /protein_id="XP_017897015.1" /db_xref="GeneID:102180449" /translation="
MMESKDLVPECRKWWLREVVDSMVQHFKVTIFGDRRPVYDGKRSLYTANPLPVATTGVDLDVTLPGEGGKDRPFKVSIKFVSRVSWHLLHEVLTGRTLPEPLELDKPISTNPVHAVDVVLRHLPSMKYTPVGRSFFSAPEGYDHPLGGGREVWFGFHQSVRPAMWKMMLNIDVSATAFYKAQPVIQFMCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"
misc_feature 196..480 /gene="AGO3" /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN; pfam16486" /db_xref="CDD:435368" misc_feature 508..660 /gene="AGO3" /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1; pfam08699" /db_xref="CDD:430160" misc_feature 661..1023 /gene="AGO3" /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is an endonuclease that plays a key role in the RNA interference pathway. The PAZ domain has been named after the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region: PAZ_argonaute_like; cd02846" /db_xref="CDD:239212" misc_feature order(817..819,862..864,904..906,916..918,970..972, 991..993,997..999) /gene="AGO3" /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide binding]; other site" /db_xref="CDD:239212" misc_feature 1156..2433 /gene="AGO3" /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is the central component of the RNA-induced silencing complex (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the C-terminal portion of Argonaute and consists of two subdomains, one of which provides the...; Region: Piwi_ago-like; cd04657" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1567..1569,1579..1581,1615..1626,1633..1635, 1657..1659,1666..1668,1678..1680,1690..1692) /gene="AGO3" /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1771..1773,1777..1779,1987..1989,2401..2403) /gene="AGO3" /note="active site" /db_xref="CDD:240015" ORIGIN
cattaaattgctggctaactgttttcaagttgaaattccaaagattgatgtctacctctatgaggtagatattaaaccagacaagtgtcctaggagagtgaacagtctgtgcaccagagcatgatggaatcaaaagacttggtaccagaatgtaggaagtggtggttgagggaggtggttgactcaatggttcagcattttaaagtgactatatttggggaccgtagaccagtttatgatggaaaaagaagcctttacacagccaatccacttcctgtggcaactacaggggtggatttagatgttactttacctggagaaggtggaaaagaccgacctttcaaagtgtcaatcaaatttgtctctcgggtgagttggcacctactccatgaagtactgacaggacggaccttgcccgaaccactggaattagacaagccaatcagcactaaccctgtccatgccgttgacgtggtgctacgacatctgccctccatgaaatatacacctgtggggcgttcctttttctcagctccagaaggatacgaccaccctctgggagggggcagggaagtttggtttggatttcatcagtctgttcggcctgccatgtggaaaatgatgcttaatattgatgtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgatatacataatattgatgagcaaccaagacctctgactgattctcatagggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggaacagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagccacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaagagtttcaatttaaagttcgagatgaaatggctcatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccaatatggaggccggaaccggactgtagcaacaccaagccatggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgtagagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcggaagatttccaaggacgcagggatgcccatccagggtcagccttgcttctgcaaatacgcgcaaggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactcagggctgcagctcattattgttatcctgcccgggaagacgccagtgtatgcggaggtgaaacgtgtcggagatacacttttgggtatggctacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctgaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccgcccgctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctaccgtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggacctcgcttccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaagcctactcgtatcatcttctatcgggatggtgtttcagaggggcagttcaggcaggtattatattatgaactcctagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacctacattgtagttcagaagagacaccacactcgactgttttgtgctgatagaactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacggtcgacacagacattacccacccgtatgagtttgatttttacctctgtagtcatgctgggatacagggtaccagccgaccttcacactatcatgttttgtgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctcacctaccagctctgccacacttacgtgcgctgcacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtggcgtttagagccagataccatctcgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaaggatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcgacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgggtgaggatgcctccagccatacagaaaccaacactgcgtgggggccagggtctgatttcatgttgatgcaggaagattgtctacttcgtcgaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcggttgttttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgaaggttttttttaaaaatacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaatgatgtgtgcaaaaaaattaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtgtattttacatatatacatgcataccgcatatgcatatatatctggatctacactgacagtggatatatatgtatctctgtatatattttacagttcattccatgggggaaccgtctttcccttttattattctcccaccgccactttcatttttctctctacctcccttgccacatttttttcccctgatgctaccagtgacattcaaatattcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacaccctactcctatctcttgtctcatacacaatttggagtcctcaactcttggtattgctttcctaagaaacaaaattattttatatatacatatatatatatatataaaatatggttttgtgagagtgagtgtctgccccctccagccctcagcttacatttgccatttgtgcaatgtgtatataagcagtagcacctaaactgttctttttctttagtgaatttgttaaagctgctattaaaaaaaaaaaaaaacttgtcaaaagttgtaactcctctataactgatgctactattctaaagtcttctgtttctatgtgttatacatggaaatcccttaaagcttttataaagggtaaatgttttacatgattggaatcgtgtagggttgaggtctctgaaattgggtagagagaaggggttgttgaggtttcttttaattttttttgctagtttacttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatttttatatatatgtgttgtatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttttatatttattagagtagtgctttaataattatagaatcgtattggcaacatcttttatagaaatataattgtttattttaagaactgacgatttgtttttgctctcttgtagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgttttacatctttaccacaaatcatgggagaaacaggcacctccgtaattttaaaagggcaaagtaatatagccttaatttcagaaggaaagttttataattttcaagtttaaagcatgtcttataaaaatcattatgaaaatgaaggaagttaaatttcctaaatgagtcttgaccttgaatattagaaataaagttgaagaactttgatttaattaatgacaatgactagcttaagatatagaagacatttaaatttttgaaaagagctcgtgtttgttgaagaatcatactggtaagctgccagttttcatctactaaaacgagtcaggaaaatataaaatgatatttttaaaactttatttgctaattcatcactagtgtaactttccttttaaaattagggagatggtgacaaaggaagttaggattttgatcatttgaaatgagttaaatcactgaaatgttgaaaaacttttttgcagaacttttgttttattaacttcactttaagatcttaaagaatactataaagctgtcaaaaccgagttaatcagtaaccttggattcaagggagctttgcactttgtaactcatgaaaattgcatttaaatttttttttttttttgcactggttcagagtgtagatattacagattgtttccagtgggcattgttgttaacctttcagaattccatctgcacatgaaaacaaatggattagctctttagtttctctcttacctattatccacgtaatgccaatttactgtattttgagcctaaaatctgagcccatgtcctccaacaggtatgaaatcttttgtccccctgccagaaaattaagaaagtactgtattttgtatgtttattatattgaagttgctgagatgcaatttacaacactgtttcaaagctctttacataacgtaatatttgtatagtatatacatttttctcccaaccgcctctcctcctccaaaaaatg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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
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