LOCUS       XM_018041535           15188 bp    mRNA    linear   MAM 08-SEP-2016
DEFINITION  PREDICTED: Capra hircus argonaute 3, RISC catalytic component
            (AGO3), transcript variant X3, mRNA.
ACCESSION   XM_018041535
VERSION     XM_018041535.1
DBLINK      BioProject: PRJNA340281
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Capra hircus (goat)
  ORGANISM  Capra hircus
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia;
            Pecora; Bovidae; Caprinae; Capra.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_030810.1) annotated using gene prediction method: Gnomon,
            supported by mRNA and EST evidence.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Version          :: Capra hircus Annotation Release 102
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 7.1
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..15188
                     /organism="Capra hircus"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9925"
                     /chromosome="3"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="blood"
                     /dev_stage="adult"
                     /breed="San Clemente"
     gene            1..15188
                     /gene="AGO3"
                     /note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence
                     includes similarity to: 2 mRNAs, 34 ESTs, 1 Protein, and
                     100% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq
                     alignments, including 2 samples with support for all
                     annotated introns"
                     /db_xref="GeneID:102180449"
     CDS             101..2053
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X3"
                     /protein_id="XP_017897024.1"
                     /db_xref="GeneID:102180449"
                     /translation="

MWKMMLNIDVSATAFYKAQPVIQFMCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"

     misc_feature    <104..151
                     /gene="AGO3"
                     /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1;
                     pfam08699"
                     /db_xref="CDD:462567"
     misc_feature    152..514
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(308..310,353..355,395..397,407..409,461..463,
                     482..484,488..490)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    647..1924
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1058..1060,1070..1072,1106..1117,1124..1126,
                     1148..1150,1157..1159,1169..1171,1181..1183)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1262..1264,1268..1270,1478..1480,1892..1894)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
ORIGIN      

ctacgacatctgccctccatgaactccagaaggatacgaccaccctctgggagggggcagggaagtttggtttggatttcatcagtctgttcggcctgccatgtggaaaatgatgcttaatattgatgtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgatatacataatattgatgagcaaccaagacctctgactgattctcatagggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggaacagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagccacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaagagtttcaatttaaagttcgagatgaaatggctcatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccaatatggaggccggaaccggactgtagcaacaccaagccatggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgtagagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcggaagatttccaaggacgcagggatgcccatccagggtcagccttgcttctgcaaatacgcgcaaggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactcagggctgcagctcattattgttatcctgcccgggaagacgccagtgtatgcggaggtgaaacgtgtcggagatacacttttgggtatggctacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctgaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccgcccgctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctaccgtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggacctcgcttccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaagcctactcgtatcatcttctatcgggatggtgtttcagaggggcagttcaggcaggtattatattatgaactcctagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacctacattgtagttcagaagagacaccacactcgactgttttgtgctgatagaactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacggtcgacacagacattacccacccgtatgagtttgatttttacctctgtagtcatgctgggatacagggtaccagccgaccttcacactatcatgttttgtgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctcacctaccagctctgccacacttacgtgcgctgcacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtggcgtttagagccagataccatctcgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaaggatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcgacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgggtgaggatgcctccagccatacagaaaccaacactgcgtgggggccagggtctgatttcatgttgatgcaggaagattgtctacttcgtcgaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcggttgttttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgaaggttttttttaaaaatacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaatgatgtgtgcaaaaaaattaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtgtattttacatatatacatgcataccgcatatgcatatatatctggatctacactgacagtggatatatatgtatctctgtatatattttacagttcattccatgggggaaccgtctttcccttttattattctcccaccgccactttcatttttctctctacctcccttgccacatttttttcccctgatgctaccagtgacattcaaatattcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacaccctactcctatctcttgtctcatacacaatttggagtcctcaactcttggtattgctttcctaagaaacaaaattattttatatatacatatatatatatatataaaatatggttttgtgagagtgagtgtctgccccctccagccctcagcttacatttgccatttgtgcaatgtgtatataagcagtagcacctaaactgttctttttctttagtgaatttgttaaagctgctattaaaaaaaaaaaaaaacttgtcaaaagttgtaactcctctataactgatgctactattctaaagtcttctgtttctatgtgttatacatggaaatcccttaaagcttttataaagggtaaatgttttacatgattggaatcgtgtagggttgaggtctctgaaattgggtagagagaaggggttgttgaggtttcttttaattttttttgctagtttacttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatttttatatatatgtgttgtatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttttatatttattagagtagtgctttaataattatagaatcgtattggcaacatcttttatagaaatataattgtttattttaagaactgacgatttgtttttgctctcttgtagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgttttacatctttaccacaaatcatgggagaaacaggcacctccgtaattttaaaagggcaaagtaatatagccttaatttcagaaggaaagttttataattttcaagtttaaagcatgtcttataaaaatcattatgaaaatgaaggaagttaaatttcctaaatgagtcttgaccttgaatattagaaataaagttgaagaactttgatttaattaatgacaatgactagcttaagatatagaagacatttaaatttttgaaaagagctcgtgtttgttgaagaatcatactggtaagctgccagttttcatctactaaaacgagtcaggaaaatataaaatgatatttttaaaactttatttgctaattcatcactagtgtaactttccttttaaaattagggagatggtgacaaaggaagttaggattttgatcatttgaaatgagttaaatcactgaaatgttgaaaaacttttttgcagaacttttgttttattaacttcactttaagatcttaaagaatactataaagctgtcaaaaccgagttaatcagtaaccttggattcaagggagctttgcactttgtaactcatgaaaattgcatttaaatttttttttttttttgcactggttcagagtgtagatattacagattgtttccagtgggcattgttgttaacctttcagaattccatctgcacatgaaaacaaatggattagctctttagtttctctcttacctattatccacgtaatgccaatttactgtattttgagcctaaaatctgagcccatgtcctccaacaggtatgaaatcttttgtccccctgccagaaaattaagaaagtactgtattttgtatgtttattatattgaagttgctgagatgcaatttacaacactgtttcaaagctctttacataacgtaatatttgtatagtatatacatttttctcccaaccgcctctcctcctccaaaaaatgtctataaaggttgtatttttttttttacattgaaatttcactgaatataatccagaacatagacaggagaaggaaatagtatatcttagatggtaaaaacctgatggtgtatgtttgctcagtatgagtaaaacatcgtccttaatcagtgagagtttcacagattcatgtgggagactttagggcctagggaagaactgtagataattttcccgtttacctgctttacctaatttcagtcacctaatctcacatgtgctaaagtaaagcccacaatttaaatctatttagaaggacttttacagaggaaaaaaaatttttttaacataaagctttacctttgaaatgagttctttatagggtgctcttagagtttcaacattgctagtttaaagttggttaacttgaaagaatatgtatagtatatttctattttgcttactaacaaattggtgtatcaaacttgattataagaaactgtgcttagattttaagataaaagactaaat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