• NCBI RefSeq の transcript を全文検索するウェブサーバです。
• 誰でも無償で自由に利用できます。
• RefSeq にはゲノム、mRNA、ncRNA、タンパク質のエントリが含まれますが、
  GGRNA はこのうち mRNA (IDがNM_, XM_で始まる) および ncRNA (NR_, XR_) を検索します。
  元データ：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/complete/complete.*.rna.gbff.gz
• 大文字・小文字は区別しません。
• "PAZ domain" のようにダブルクオートで囲むとフレーズ検索できます。
• 複数のキーワードをコンマかスペースで区切るとAND検索になります。
• このとき、キーワードの順番は結果に影響しません。
• Advanced search で検索条件を細かく指定できます。
• タグ（下記表の緑色の部分）を利用して検索条件を細かく指定することも可能です。
• ゲノム配列を検索したいときは 《ゲゲゲノム》をお使いください。
  • ヒトゲノムの検索例： https://GGGenome.dbcls.jp/TTCATTGACAACATT

• 塩基配列編
• アミノ酸配列編

（統合TV 制作: 乳井昌道氏）

検索語	説明	エイリアス
refid:NM_001518	RefSeq IDから検索。 "." 以降のバージョン番号は無視される。 つまり古い配列 NM_003380.2 を検索 しても最新版 NM_003380.3 がhitする。 NM_, XM_, NR_, XR_ で始まる検索語は 自動的にrefid:で解釈される。	refseqid: refseq: id:NM_ id:XM_ id:NR_ id:XR_
geneid:10579	Gene IDから検索。 数字のみの検索語は自動的にgeneid:で 解釈される。	gene:数字 id:数字
symbol:VIM	symbolから検索。 symbolに部分一致するものを返す。 synonymに部分一致するものも返す。	name: gene:アルファベットを含む単語
aa:KDEL	アミノ酸配列から検索。
ref:Naito ref:1327585	文献情報のなかからフリーワード検索。 PubMed IDも指定可能。	reference:
probe:1552311_a_at probe:A_23_P101434	アレイのプローブIDから塩基配列を検索。 _at, _stで終わるもの（Affymetrix ID）、 A_で始まるもの（Agilent ID）は自動的に probe:で解釈される。プローブIDが登録 されていない場合はフリーワード検索。	probeid:
seq:caagaagagattg	塩基配列から検索。 A,T,G,C,Uのみからなる文字列は自動的に seq:で解釈される。UはTとまったく同じ。 seq1:, seq2:, seq3:とすると、それぞれ 1, 2, 3ミスマッチまで許容して検索する。	sequence:
comp:caagaagagattg	相補鎖を検索する。 comp1:, comp2:, comp3:でそれぞれ 1, 2, 3ミスマッチまで許容して検索する。	complementary:
both:caagaagagattg	入力配列とその相補鎖を検索する。 both1:, both2:, both3:でそれぞれ 1, 2, 3ミスマッチまで許容して検索する。	bothseq:
iub:aggtcannrtgacct iubcomp:aggtcannrtgacct iubboth:aggtcannrtgacct	N, R, Y などのあいまいな塩基を含む 塩基配列を検索。あいまい塩基の表記は IUBコードによる。iubcomp:は相補鎖、 iubboth:は入力配列とその相補鎖を検索。	iubseq: → iub:

• ミスマッチを許容した検索は GGGenome をご利用ください。

• http[s]://GGRNA.dbcls.jp/species/query+string[.format][.download]
  • species → 生物種の学名の頭文字。hs, mm, etc. 省略時は全生物種 (zoo)
  • query+string → URLエンコードしたクエリ文字列
  • format → html, txt, json。省略時は html
  • download → URLの最後に付加すると検索結果をファイルとしてダウンロードできる
• 指定できる species および format の種類など、詳細は下記を参照：
  • https://GGRNA.dbcls.jp/api.txt
• 使用例：
  • https://GGRNA.dbcls.jp/NM_001518.txt
    「NM_001518」を検索してタブ区切りテキストで取得
  • https://GGRNA.dbcls.jp/mm/homeobox.txt
    マウスで「homeobox」を検索してタブ区切りテキストで取得
  • https://GGRNA.dbcls.jp/dm/%22RNA+interference%22.json
    ショウジョウバエで「"RNA interference"」を検索してJSONで取得
    URLでは " は %22、スペースは + にエンコードしている点に注意
  • https://GGRNA.dbcls.jp/caagaagagattg.json
    全生物種で「caagaagagattg」を検索してJSONで取得

• GGRNAはデフォルトでRefSeqに収録された全生物種を同時に検索します。
• 下記のモデル生物は専用のURLを用意しています。

ヒト (hs)	マウス (mm)	ラット (rn)	ニワトリ (gg)
ツメガエル (xt)	ゼブラフィッシュ (dr)	ホヤ (ci)	ショウジョウバエ (dm)
線虫 (ce)	シロイヌナズナ (at)	イネ (os)
出芽酵母 (sc)	分裂酵母 (sp)

GGRNAを論文中でとりあげていただける場合は、下記の論文を引用してくださるようお願いいたします。

• Yuki Naito & Hidemasa Bono (2012)
  GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
  Nucleic Acids Res. 40, W592-W596.

日本語による総説、その他

• 内藤雄樹・坊農秀雅 (2012)
  統合遺伝子検索GGRNA：遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ.
  ライフサイエンス 新着論文レビュー (DBCLSからの成果発信). [PDF]
• 内藤雄樹 (2014)「GGRNA：キーワードや配列から遺伝子をGoogleのように検索」
  実験医学増刊：今日から使える！データベース・ウェブツール, p.78-79, 羊土社.
• ソースコード：GitHub - meso-cacase/GGRNA

• GitHub Wiki - GGRNA過去の新着情報