LOCUS       XM_046468758           19328 bp    mRNA    linear   ROD 01-AUG-2023
DEFINITION  PREDICTED: Marmota monax argonaute RISC catalytic component 3
            (Ago3), transcript variant X3, mRNA.
ACCESSION   XM_046468758
VERSION     XM_046468758.2
DBLINK      BioProject: PRJNA797297
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Marmota monax (woodchuck)
  ORGANISM  Marmota monax
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia;
            Sciuromorpha; Sciuridae; Xerinae; Marmotini; Marmota.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NW_026694432) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            On Aug 1, 2023 this sequence version replaced XM_046468758.1.
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_021218885.2-RS_2023_07
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.1
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 07/26/2023
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..19328
                     /organism="Marmota monax"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="L192"
                     /isolation_source="Labrador"
                     /db_xref="taxon:9995"
                     /chromosome="Unknown"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="PBMC"
                     /geo_loc_name="Canada"
                     /lat_lon="51.43 N 57.06 W"
                     /collection_date="2018-08-03"
                     /collected_by="Thomas Michalak"
     gene            1..19328
                     /gene="Ago3"
                     /note="argonaute RISC catalytic component 3; Derived by
                     automated computational analysis using gene prediction
                     method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity
                     to: 3 Proteins"
                     /db_xref="GeneID:124109875"
     CDS             2627..4507
                     /gene="Ago3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X3"
                     /protein_id="XP_046324714.1"
                     /db_xref="GeneID:124109875"
                     /translation="

MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"

     misc_feature    2627..2968
                     /gene="Ago3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(2762..2764,2807..2809,2849..2851,2861..2863,
                     2915..2917,2936..2938,2942..2944)
                     /gene="Ago3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    3101..4378
                     /gene="Ago3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(3512..3514,3524..3526,3560..3571,3578..3580,
                     3602..3604,3611..3613,3623..3625,3635..3637)
                     /gene="Ago3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(3716..3718,3722..3724,3932..3934,4346..4348)
                     /gene="Ago3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     polyA_site      19328
                     /gene="Ago3"
                     /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"
ORIGIN      

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