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2024-04-28 06:48:38, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)
LOCUS NR_172944 2623 bp RNA linear PRI 08-NOV-2023
DEFINITION Homo sapiens gamma-glutamyltransferase 2, pseudogene (GGT2P),
non-coding RNA.
ACCESSION NR_172944
VERSION NR_172944.1
KEYWORDS RefSeq.
SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Qiu S, Jin L, Yang D and Zhang D.
TITLE Clinical application value of hepatitis B virus basal core promoter
1762/1764 and GGTII and GGT in patients with HBV-DNA-positive
primary liver cancer
JOURNAL Medicine (Baltimore) 102 (43), e35699 (2023)
PUBMED 37904480
REMARK GeneRIF: Clinical application value of hepatitis B virus basal core
promoter 1762/1764 and GGTII and GGT in patients with
HBV-DNA-positive primary liver cancer.
REFERENCE 2 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Ucar H, Gur M, Gozukara MY, Kalkan GY, Baykan AO, Turkoglu C,
Kaypakl O, Seker T, Sen O, Selek S and Cayl M.
TITLE Gamma glutamyl transferase activity is independently associated
with oxidative stress rather than SYNTAX score
JOURNAL Scand J Clin Lab Invest 75 (1), 7-12 (2015)
PUBMED 25180444
REMARK GeneRIF: In stable coronary artery disease, increased GGT activity
within the normal range is associated with increased oxidative
stress.
REFERENCE 3 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Fukuda T, Hamaguchi M, Kojima T, Ohshima Y, Ohbora A, Kato T,
Nakamura N and Fukui M.
TITLE Association between serum gamma-glutamyltranspeptidase and
atherosclerosis: a population-based cross-sectional study
JOURNAL BMJ Open 4 (10), e005413 (2014)
PUBMED 25280803
REMARK GeneRIF: The serum GGT level was associated with brachial-ankle
pulse wave velocity, a marker of peripheral atherosclerosis,
independently of covariates including fatty liver or menopausal
state just in women, but not in men.
Publication Status: Online-Only
REFERENCE 4 (bases 1 to 2623)
AUTHORS West MB, Wickham S, Parks EE, Sherry DM and Hanigan MH.
TITLE Human GGT2 does not autocleave into a functional enzyme: A
cautionary tale for interpretation of microarray data on redox
signaling
JOURNAL Antioxid Redox Signal 19 (16), 1877-1888 (2013)
PUBMED 23682772
REMARK GeneRIF: hGGT2 does not encode a functional enzyme; microarray data
which have reported induction of hGGT2 mRNA should not be
interpreted as induction of a protein that has a role in the
metabolism of extracellular glutathione and in maintaining the
redox status
REFERENCE 5 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Kim KM, Kim BT, Lee DJ, Park SB, Joo NS and Kim KN.
TITLE Serum gamma-glutamyltransferase as a risk factor for general
cardiovascular disease prediction in Koreans
JOURNAL J Investig Med 60 (8), 1199-1203 (2012)
PUBMED 23138005
REMARK GeneRIF: In a Korean population, increased GGT serum concentration
is associated with increased cardiovascular disease risk.
REFERENCE 6 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Lee DH, Steffes MW and Jacobs DR Jr.
TITLE Can persistent organic pollutants explain the association between
serum gamma-glutamyltransferase and type 2 diabetes?
JOURNAL Diabetologia 51 (3), 402-407 (2008)
PUBMED 18071669
REMARK GeneRIF: Survey show relationships similar to those observed for
GGT, including a powerful association with prevalent type 2
diabetes and organic pollutants.
REFERENCE 7 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Komissarova EV, Li P, Uddin AN, Chen X, Nadas A and Rossman TG.
TITLE Gene expression levels in normal human lymphoblasts with variable
sensitivities to arsenite: identification of GGT1 and NFKBIE
expression levels as possible biomarkers of susceptibility
JOURNAL Toxicol Appl Pharmacol 226 (2), 199-205 (2008)
PUBMED 17976673
REMARK GeneRIF: Expression levels of GGT1 and possibly NFKBIE might be
useful as biomarkers of genetic susceptibility to arsenite.
REFERENCE 8 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Dunham I, Shimizu N, Roe BA, Chissoe S, Hunt AR, Collins JE,
Bruskiewich R, Beare DM, Clamp M, Smink LJ, Ainscough R, Almeida
JP, Babbage A, Bagguley C, Bailey J, Barlow K, Bates KN, Beasley O,
Bird CP, Blakey S, Bridgeman AM, Buck D, Burgess J, Burrill WD,
O'Brien KP et al.
TITLE The DNA sequence of human chromosome 22
JOURNAL Nature 402 (6761), 489-495 (1999)
PUBMED 10591208
REMARK Erratum:[Nature 2000 Apr 20;404(6780):904]
REFERENCE 9 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Figlewicz DA, Delattre O, Guellaen G, Krizus A, Thomas G, Zucman J
and Rouleau GA.
TITLE Mapping of human gamma-glutamyl transpeptidase genes on chromosome
22 and other human autosomes
JOURNAL Genomics 17 (2), 299-305 (1993)
PUBMED 8104871
REFERENCE 10 (bases 1 to 2623)
AUTHORS Pawlak A, Wu SJ, Bulle F, Suzuki A, Chikhi N, Ferry N, Baik JH,
Siegrist S and Guellaen G.
TITLE Different gamma-glutamyl transpeptidase mRNAs are expressed in
human liver and kidney
JOURNAL Biochem Biophys Res Commun 164 (2), 912-918 (1989)
PUBMED 2573352
COMMENT VALIDATED REFSEQ: This record has undergone validation or
preliminary review. The reference sequence was derived from
AP000551.1 and AP000550.1.
Summary: This gene (GGT2P) appears to be a human duplication of the
gamma-glutamyltransferase 1 (GGT1) gene. While GGT2P and GGT1 can
potentially encode proteins of the same size and with 94% identity,
the ability of GGT2P to encode a stable, functional enzyme has been
disputed (see PMID:23682772). Since it is also expressed at a much
lower level than GGT1, GGT2P is now thought to be a processed
pseudogene. [provided by RefSeq, Jan 2022].
Publication Note: This RefSeq record includes a subset of the
publications that are available for this gene. Please see the Gene
record to access additional publications.
##Evidence-Data-START##
RNAseq introns :: mixed sample support SAMEA1965299, SAMEA1966682
[ECO:0006172]
##Evidence-Data-END##
PRIMARY REFSEQ_SPAN PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN COMP
1-285 AP000551.1 10900-11184 c
286-664 AP000550.1 129788-130166 c
665-733 AP000550.1 127622-127690 c
734-907 AP000550.1 127133-127306 c
908-1078 AP000550.1 126419-126589 c
1079-1165 AP000550.1 122894-122980 c
1166-1269 AP000550.1 122056-122159 c
1270-1462 AP000550.1 117503-117695 c
1463-1612 AP000550.1 114753-114902 c
1613-1749 AP000550.1 114093-114229 c
1750-1959 AP000550.1 110387-110596 c
1960-2087 AP000550.1 110027-110154 c
2088-2200 AP000550.1 109812-109924 c
2201-2314 AP000550.1 109617-109730 c
2315-2623 AP000550.1 109004-109312 c
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..2623
/organism="Homo sapiens"
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gene 1..2623
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variation 599
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exon 665..733
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/pseudo
variation 665
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variation 669
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variation 674
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variation 685
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/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1462296417"
variation 686
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variation 689
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variation 1108
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variation 1110
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variation 1111
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variation 1336..1337
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variation 1380
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variation 1381
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variation 1382
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/pseudo
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variation 1628
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/replace="g"
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variation 1634
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variation 1636
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variation 1643..1647
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/replace="ccccc"
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variation 1643
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/db_xref="dbSNP:879067826"
variation 1647
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variation 1648
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variation 1861..1862
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variation 1900
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variation 1909
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variation 1910
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variation 2176
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variation 2188
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variation 2271
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variation 2524
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variation 2525
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variation 2527
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variation 2531
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1239359722"
variation 2536
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="g"
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variation 2537
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="g"
/db_xref="dbSNP:1439425872"
variation 2539
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="c"
/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1410423120"
variation 2540
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="c"
/replace="g"
/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1415431430"
variation 2542
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="c"
/replace="g"
/db_xref="dbSNP:1921849800"
variation 2546
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="c"
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variation 2551
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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/replace="g"
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variation 2561
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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variation 2567
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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/replace="t"
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variation 2568
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variation 2569
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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variation 2578
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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variation 2585
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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/replace="t"
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variation 2588
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="g"
/db_xref="dbSNP:1921847474"
variation 2601
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1921847201"
variation 2607
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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/replace="g"
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variation 2608
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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/replace="g"
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variation 2609
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="c"
/replace="g"
/db_xref="dbSNP:1921846029"
variation 2610
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="c"
/replace="g"
/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1466769957"
variation 2612
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="a"
/replace="c"
/replace="g"
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variation 2615..2616
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/replace=""
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variation 2620
/gene="GGT2P"
/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
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variation 2621
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/gene_synonym="GGT; GGT 2; GGT2"
/replace="c"
/replace="t"
/db_xref="dbSNP:1285737439"
ORIGIN
gagcttcagctcatcttttttgtcacctgccatacctttgcctctaagtgtcccccagtttttattgctgccctctccatccgcaccagtgcctctctctgccagttccactgttctctcgcctgctctttaggatttcctttgttttgcctccttgcctggtgctttcagcgagcagcgctgacgtcatctcaggaaccgtgctgcgtctgagagaagaacctgcagtagctgtttaagtgtgcggtgctggcagagtacctccctgaaggtgtcctggggaaagtgtggtgtcagcacagcggcaggtcaccgttcaggaaggacccttgtaccgcacggagggctcccacatcactatctggtgcaatgtgagtggctaccagggaccttctgaacagaatttccagtggtccatttacctgccttcgtcgccagagcgagaggtgcagatcgtcagcaccatggactcttccttcccctatgccatctacacccagcgcgtccgcggagggaagatcttcatagaaagagtccaggggaacccaaccctattgcacatcacagatcttcaggcccgggatgccggggaatatgaatgccacacacccagcaccgagaagcaatactttgggagttaacagtgcaaagatgaacctagtggcaaggcaagtgaggtgctgccgtcatccaggctggacagttcagtgatttgcctgaggccccacagcaggagaacgagaaggctgcctgatcagagagtctctgaagaagattctgtggctacaggcttcagcagagtgtgagggagaccccggttatttcctcagctgtttccaccaaatcctcctgtctttcgtggccaacaccccaggcaaggcttggggcccccgtctgctgctggacgcagagccatgaagaagaagttagtggtgctgggcctgctggccgtggtcctggtgctggtcattgtcggcctctgtctctggctgccctcggcctccaaggaacctgacaaccatgtgtacaccagggctgccatggccgcggatgccaagcagtgcttggagattgggaggaaaagctgaggtcatcaatgcccgcgaggtggcccccaggctggcctttgccagcatgttcaacagctcggagcagtcccagaaggcactttaggaggccaagtcaggaggagcgcatgagcccaggagacctgcctggacaacatagcaagactccatctctacaaaaaatggaaaaaaaaattagcaggagggctgtcggtggcggtgcctggggagatccgaggctatgagctggcacaccagcggcatgggcggctgccctgggctcgcctcttccagcccagcatccagctggcccgccagggcttccctgtgggcaagggcttggcggcagtcctggaaaacaagcggactgtcatcgagcagcagcctgtcttgtgggggcattgtgacagctgaggacctgaacaactaccgtgctgagctgatcgagcacccgctgaacatcagcctgggagacgcggtgctgtacatgcccagtgcgcggctcagcgggcccgtgctggccctcatcctcaacatcctcaaagggtacaacttctcccgggagagcgtggagacccccgagcagaagggcctgacgtaccaccgcatcgtagaggctttccggtttgcctacgccaagaggaccctgcttggggaccccaagtttgtggatgtgactgaggccagctctggggtctcagcaggtggtccgcaacatgacctctgagttcttcgctgcccagctccggtcccagatctctgaccacaccactcacccgatctcctactacaagcccgagttctacacgccggatgacgggggcactgctcacctgtctgtcgtcgcagaggacggcagtgctgtgtccgccaccagcaccatcaacctctactttggctccaaggtctgctccccggtcagtgggatcctgttcaataatgaatggacgacttcagctctcccagcattcaccaatgagtttggggcacccccctcacctgccaatttcatccagccagggaagcagccgctcttgtccatgtgcctgacgatcatggtgggccaggacggccaggtccggatggtggtgggagctgctgggggcacgcagatcaccacagacactgcactggccatcatctacaacctctggttcggctatgacgtgaagagggccgtggaggagccccggctgcacaacaagcttctgcccaacgtcacgacagtggagagaaacattgaccaggcagtgactgcagccctggagacccggcaccatcacacccagatcgcgtccaccttcatcgctgtggtgcaagccatcgtccgcacggctggtggctgggcagctgcctcggactccaggaaaggcggggaacctgctggctactgattgctccaggcagacaaggctgacaagcaatccagggacaagatactcaccaggatgaggaagaggactttgggggacgggcttcccctgtgagcagcagagcagcataataaatgaggccactgtgccaggctccaggtggcctccctggcctgtctcccc
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If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596.
[Full Text]