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Previous release (v1)
2024-05-04 03:05:43, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)
LOCUS NM_001395407 318 bp mRNA linear PRI 31-DEC-2022
DEFINITION Homo sapiens small cysteine and glycine repeat containing 6
(SCYGR6), mRNA.
ACCESSION NM_001395407
VERSION NM_001395407.1
KEYWORDS RefSeq; MANE Select.
SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1 (bases 1 to 318)
AUTHORS Wu DD, Irwin DM and Zhang YP.
TITLE Molecular evolution of the keratin associated protein gene family
in mammals, role in the evolution of mammalian hair
JOURNAL BMC Evol Biol 8, 241 (2008)
PUBMED 18721477
REMARK Erratum:[BMC Evol Biol. 2009;9:213]
Publication Status: Online-Only
COMMENT VALIDATED REFSEQ: This record has undergone validation or
preliminary review. The reference sequence was derived from
AC093762.3.
##RefSeq-Attributes-START##
MANE Ensembl match :: ENST00000641918.1/ ENSP00000493292.1
RefSeq Select criteria :: based on single protein-coding transcript
##RefSeq-Attributes-END##
PRIMARY REFSEQ_SPAN PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN COMP
1-318 AC093762.3 6428-6745 c
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..318
/organism="Homo sapiens"
/mol_type="mRNA"
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/chromosome="2"
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gene 1..318
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CDS 1..318
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protein 6"
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/translation="
MGCCGCGGCGGGCGGCGGGCSGGCGGGCGGGCGSCTTCRCYRVGCCSSCCPCCRGCCGGCCSTPVICCCRRTCHSCGCGCGCGKGCCQQKGCCQQKGCCKKQCCC"
misc_feature 10..249
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/note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot
(A0A286YF77.1); Region: 13 X 2 AA repeats of CG.
/evidence=ECO:0000305"
exon 1..318
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variation 2
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gtggctgtggtggtggctgcggtggtggctg"
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variation 17..71
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gtggctg"
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gtggctgcggtggtggctgcggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctg"
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variation 17..60
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gtgg"
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variation 19..60
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tgcggtggtggctgc"
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variation 26..50
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variation 28..89
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ggtggctgcggtgg"
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ggtggctgcggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtg
g"
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variation 28
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/replace="g"
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variation 29..71
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variation 31..53
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ggctgcggtgg"
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variation 39..40
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variation 39
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/replace="c"
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variation 40..98
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ggtggctgtgg"
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ggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcg
gtggtggctgtgg"
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variation 40..95
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ggtggctg"
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ggtggctgcagtggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcg
gtggtggctg"
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ggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctg"
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ggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctg"
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variation 40..89
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gg"
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ggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctgcggtg
gtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtgg"
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variation 40..84
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ggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtg
gtggtggctgc"
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ggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgcggtggtggctgcggtggctgcggtg
gtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgcgg
tggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgc"
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ggtggctg"
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gg"
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ggtggtggctgcggtggtggctgtggtggtggctgtggtggtggctgtggtggtggct
gcagtggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctgtgg"
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ggtggtggctgc"
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ggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggct
gc"
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variation 49..59
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variation 49
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variation 50..98
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g"
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variation 50..71
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variation 50
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variation 52
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variation 62..98
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/db_xref="dbSNP:rs1452053580"
variation 62..95
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tggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctg"
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gtggtggctgcggtggtggctg"
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variation 62..89
/gene="SCYGR6"
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variation 62..83
/gene="SCYGR6"
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variation 62
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variation 62
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variation 235..248
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variation 240
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variation 241
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/gene_synonym="KRTAP28-6"
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variation 247..249
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variation 248
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variation 249..293
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ccagcagaagggctgctgtcagcagaagggctg"
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variation 249..275
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ccagcagaagggctg"
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ccagcagaagggctgttgccagcagaagggctg"
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variation 249
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/gene_synonym="KRTAP28-6"
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variation 250..266
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variation 250
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variation 261
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variation 262..296
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/replace="cagcagaagggctgctgtcagcagaagggctgctg"
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tgctg"
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variation 262
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/gene_synonym="KRTAP28-6"
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variation 264
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variation 265..266
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variation 265
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variation 266
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variation 269..286
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variation 275
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variation 275
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agggctgttgccagcagaaggg"
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variation 276
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variation 277..293
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/replace="tgtcagcagaagggctgttgtcagcagaagggctg"
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variation 277..279
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variation 279
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variation 280..293
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tgttgccagcagaagggctg"
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variation 280
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variation 317
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ORIGIN
atgggttgctgtgggtgtggtggctgcggtggtggctgcggtggctgcggtggtggctgcagtggtggctgtggtggtggctgcggtggtggctgtggcagctgcaccacctgcaggtgctaccgggtgggctgctgctccagctgctgcccctgctgccgcggctgctgtggaggctgctgcagcacgcccgtgatctgttgctgccgccgcacctgccactcatgtggctgcggctgtggctgtgggaagggctgttgccagcagaagggctgctgtcagcagaagggctgctgcaagaagcaatgctgctgctag
//
by
@meso_cacase at
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If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596.
[Full Text]