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2024-03-29 01:31:32, GGRNA : RefSeq release 222 (Jan, 2024)

Summary:

Results:

Matches are highlighted with green background. Overlapping matches are dark colored.

Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 5, mRNA. (1380 bp)
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position 786
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_001007250.3 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 4, mRNA. (1501 bp)
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position 907
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_001007100.3 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 3, mRNA. (1510 bp)
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position 916
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_001007099.3 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
PREDICTED: Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant X2, mRNA. (2629 bp)
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position 2035
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
XM_054338136.1 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
PREDICTED: Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant X2, mRNA. (2629 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 2035
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
XM_005271103.5 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 6, mRNA. (2627 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 2033
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_001193600.2 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 7, mRNA. (2687 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 2093
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_001193599.2 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 8, mRNA. (2701 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 2107
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_001193617.2 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 1, mRNA. (2759 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 2165
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
NM_002979.5 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
PREDICTED: Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant X1, mRNA. (5212 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 4706
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
XM_054338135.1 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)
PREDICTED: Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant X1, mRNA. (5213 bp)
tagatttgtttcttaatgggtgtgaccaatcctgtttttcctatgctctgggtgaatagagcctgatggtatactactgctttgcggaattgcatacaactgtgcattacaaagttaatatggtaattatggtctggggtaaaattgagtttcagaataaaattaggaacagtaaaatccaaagaactatgtaaacaaaaaagcttttgttttgcttacaaagtatatttaaggattattctgctgaagattcagtttaagagttttccttgggagaactaagtaagaaacacaatgccaacagctggccagtaattagtgttgtgcacttcatgtcattaatcaatttctcaatagttcttaaaattagtgagattaaaaatctaaaaattttgcatttcatgctatcagaaacagtattttcttcccaaatcaaaataaaagaaatatgatcagagcttgaacacaggcttatttttaaaataaaaatatttttaacatgggtttccttattgaaaaatcagtgtattagtcataaaacaccatcattaagaataattgaacaataaagtttgctttcagatgcagttttcaaattat...
position 4706
Synonym: NLTP; NSL-TP; SCOX; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX
XM_047427504.1 - Homo sapiens (human) - NCBI - UCSC - RefEx(expression)

Data Export:

Maximum 10000 results can be retrieved as Tab-delimited text or JSON format.

Debug Info:

Redirect URI : http://ggrna.dbcls.jp/hs/seq%3aAACACAATGCCAACAGCTGGCCAGT
lang : en | div : | spe : hs | query_string : seq:AACACAATGCCAACAGCTGGCCAGT | format : html | download :

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0.198 | 0.110 | search_done; http://172.18.8.71:7700/v1/refsub/query?q=(nt:AACACAATGCCAACAGCTGGCCAGT)?source=Homo sapiens (human)?to=49?from=0?snippet=full_search?drilldown=source?get=accession,version,gi,length,symbol,synonym,geneid,division,source,definition&format=json
0.199 | 0.001 | cgi_end;

GGRNA ver.2 by @meso_cacase at DBCLS
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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596. [Full Text]