2024-05-03 06:08:16, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)
LOCUS XM_056083762 10349 bp mRNA linear INV 12-MAY-2023 DEFINITION PREDICTED: Argiope bruennichi protein argonaute-2-like (LOC129969264), transcript variant X3, mRNA. ACCESSION XM_056083762 VERSION XM_056083762.1 DBLINK BioProject: PRJNA970801 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Argiope bruennichi ORGANISM Argiope bruennichi Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Chelicerata; Arachnida; Araneae; Araneomorphae; Entelegynae; Araneoidea; Araneidae; Argiope. COMMENT MODEL REFSEQ: This record is predicted by automated computational analysis. This record is derived from a genomic sequence (NC_079151) annotated using gene prediction method: Gnomon. Also see: Documentation of NCBI's Annotation Process ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI RefSeq Annotation Status :: Full annotation Annotation Name :: GCF_947563725.1-RS_2023_05 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 10.1 Annotation Method :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA Annotation Date :: 05/10/2023 ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..10349 /organism="Argiope bruennichi" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:94029" /chromosome="1" gene 1..10349 /gene="LOC129969264" /note="protein argonaute-2-like; Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 25 Proteins" /db_xref="GeneID:129969264" CDS 308..2935 /gene="LOC129969264" /codon_start=1 /product="protein argonaute-2-like isoform X3" /protein_id="XP_055939737.1" /db_xref="GeneID:129969264" /translation="
MQQPPGGSQQPPDLPQFVCPRRPNLGTEGRPILLRANHFEIRMPRGYLHHYDVTITPDKCPRKVNREIIETMVQSYSKIFSNIKPVFDGRKNMYTRDDIPIGQDKMEFEVTLPGEGKDRVFRVAIKWLAKVSLFALEEALEGRTRTIPLDVIQALDVVMRHLPSMTFTPVGRSFFSSPDGYNHPLGGGREVWFGFHQSVRPSQWKMMLNIDVSATAFYKAQPVTDFLCEVLDIRDISEQKKPLTDSQRVKFTKEIKGLKIEITHCGAMRRKYRVCNVTRRPAQLQSFPLQLENGQTVECTVAKYFLDKYKMKLRYPHFPCLQVGQEHKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDMQTSTMIKATARSAPDREREINNLVSNTGQSSGSNTVRRANFNDDPYVHEFGLSISNTMMEVRGRILPPPKLQYGGRTKQQAIPNQGVWDMRGKQFHTGVEIRVWAIACFAPQRTCREDALRNFTQQLQKISNDAGMPIIGQPCFCKYATGAEQVEPMFRYLKSTFQGLQLVVVVLPGKTPVYAEVKRVGDTVLGMATQCVQSKNVNKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINSILVPNIRPKVFNEPVIFLGADVTHPPAGDNKKPSIAAVVGSMDGHPSRYAATVRVQQHRQEIIQDLASMVKELLIQFYKSTRFKPNRIIFYRDGVSEGQFHQVLTHELLAVREACMKLEADYKPGITFIVVQKRHHTRLFCSDKKEQIGKSGNIPAGTTVDVGITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNQFSADELQCLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVEKDHERQDLGGGSQSLNGDGSLQSTNGEDRNPLAMARAVTVHNDTNKVMYFA"
misc_feature 395..784 /gene="LOC129969264" /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN; pfam16486" /db_xref="CDD:435368" misc_feature 812..964 /gene="LOC129969264" /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1; pfam08699" /db_xref="CDD:430160" misc_feature 965..1327 /gene="LOC129969264" /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is an endonuclease that plays a key role in the RNA interference pathway. The PAZ domain has been named after the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region: PAZ_argonaute_like; cd02846" /db_xref="CDD:239212" misc_feature order(1121..1123,1166..1168,1208..1210,1220..1222, 1274..1276,1295..1297,1301..1303) /gene="LOC129969264" /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide binding]; other site" /db_xref="CDD:239212" misc_feature 1406..1582 /gene="LOC129969264" /note="Argonaute linker 2 domain; Region: ArgoL2; pfam16488" /db_xref="CDD:435370" misc_feature 1496..2773 /gene="LOC129969264" /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is the central component of the RNA-induced silencing complex (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the C-terminal portion of Argonaute and consists of two subdomains, one of which provides the...; Region: Piwi_ago-like; cd04657" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1907..1909,1919..1921,1955..1966,1973..1975, 1997..1999,2006..2008,2018..2020,2030..2032) /gene="LOC129969264" /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(2111..2113,2117..2119,2327..2329,2741..2743) /gene="LOC129969264" /note="active site" /db_xref="CDD:240015" polyA_site 10349 /gene="LOC129969264" /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]" ORIGIN
ccgccattttctatacactcaaatccaacaagggggatataacgattctctaacggagggtgtaggggtcccctaaacatgtatcccttaggtcaactacttattatatacagagaataaggataattttgtactgctcgtaacttccagtaaaaagaacctcatgtattgagttttctcaaagaatttaatttctggacccgttaaacctgacgttctttacgcacctgggccagtggggccacctgcacgagccacacaacctttgacaccatcatctactcatccacctgcaggagctccaagtatgcagcagcccccgggtggatcgcagcaacctcctgaccttccccagtttgtctgcccccgcaggccaaatctgggcacagaaggtcggccaatcttattgcgagctaatcatttcgagattcggatgccaagaggatatttacaccactatgatgtcacaattacaccagacaaatgtcctcgaaaagtcaacagagaaatcattgaaacaatggtacagtcatattcaaaaatattttcaaatattaaaccagtatttgatggtagaaaaaatatgtacacaagagatgacattcccattggacaggataagatggaatttgaagtaaccttacctggcgaaggcaaagatagagtatttagggttgctataaaatggttagcaaaagtgagcttatttgcattagaagaagcacttgaaggcagaacacggacaattccattagatgttatacaagcccttgatgttgtaatgaggcatcttccaagcatgacgtttactcctgttgggagatcatttttctcatcaccagatggctataatcatccattaggaggaggacgagaagtttggtttggttttcatcaaagtgtgagacctagtcaatggaaaatgatgctaaacattgatgtgtctgctacagctttttacaaagcacaacctgtcactgatttcctgtgtgaagtattagatatcagagacataagtgagcaaaagaaacctctaacagattcgcaacgagtcaagttcaccaaagaaatcaagggacttaaaatagaaattacccactgtggtgctatgaggagaaaatacagagtatgcaatgttacacgcaggcctgctcagcttcaatcgtttcctcttcaacttgaaaatggacagactgtggagtgtactgttgcaaaatacttcttggataaatacaagatgaagctacggtatcctcatttcccatgcttacaagttggacaagaacacaagcatacatatcttcctttagaggtatgtaacatcgttgctggtcagaggtgcatcaagaaattaactgacatgcaaacatcaacaatgataaaggcaactgcacgctctgcgccagatagagaaagggagatcaataatcttgttagtaatactggtcaaagttctggttctaatacagtaagaagagcaaattttaacgatgatccttatgttcatgaatttggcttatccatcagtaatactatgatggaagtaagaggcagaatacttcctcctcctaagcttcaatatggaggcaggactaaacaacaggccataccaaatcaaggtgtatgggacatgcgtggcaaacagtttcatactggtgtagaaatcagagtgtgggccattgcatgttttgcaccacaacgcacatgcagggaggatgctttaagaaattttactcagcaattgcaaaaaattagcaatgatgctggcatgcccattattggacaaccttgcttttgcaaatatgctactggtgcagagcaagtggagcccatgtttcgctacctcaaatcaacattccaaggcttgcaactagtcgttgtagttcttccgggaaagacacctgtatatgctgaagttaagagagttggcgatactgtccttggaatggctacccagtgtgttcagtcaaagaatgttaataagacttccccacaaactctctccaatttatgtttaaaaattaatgtcaaattaggaggtataaatagcatacttgttcctaatattagacccaaagtgttcaatgaacctgtgatattccttggtgcagatgtgactcatccccctgctggagataataagaaaccttctatagcagcggttgttggcagtatggatggtcatcctagtagatatgcagctactgttagagtgcagcaacaccgacaagaaattatacaagatttggcatcaatggttaaagaattactcatacagttttacaaatcaacacgatttaaacctaacagaataatattttaccgagatggtgtatctgaagggcagtttcatcaggtgcttacccatgagcttttggcagttcgggaagcttgcatgaagttggaggccgattataaaccaggaataacttttattgttgttcagaaacgtcatcatactagattgttttgttctgataaaaaggaacaaattggtaaaagtggaaacataccagctggcacaacagtcgatgtgggtatcactcatccaactgaatttgatttttacctttgcagtcatgctggtatacagggcacgagtcgtccctctcattatcatgtactgtgggatgataatcagttctctgcagatgagcttcaatgtttaacttaccaactttgtcatacatacgtccgttgtaccagatcagtgtccattccagctcctgcttattatgctcatttggtagcatttcgagctcggtatcatttggttgagaaagatcatgaaaggcaagatttgggtggtggaagccaaagtctgaatggagacggcagtttacaatctaccaatggagaagaccgcaatccccttgcaatggctagagcagtcactgtgcacaatgacaccaataaagtgatgtattttgcataacacaattttcttgtgaacaaatctttcaaaaagtacaagagttagggctcaaattcatttgaagattgaaaattttctcttgatgtttttgatctttacatctgctgtgtccataaaaccaaaaaaaaaaaaggtacacatggaatcacacttattgctctcttaagttattgttttaatgatgtggttcaagttttcttcgtgtacaagctataccattgagctgctgttggtgccatgggactgtcgaaagaggaactttcgggaaaaggacttctctttttttttttcttctgttctctactgccatatatctggtcattctttaagtttacatttttaaacttcaaatcaagacgtgcttaagttttacagtgaagagctgttgtacagattaaatttcatttgtagcatcaatatttcatttcaagttttcacttggttgtgacaattttgatcttcatgctagacaaattcttggtcttcaataaatattgaattttagtcataataattgttggtcatcattatacaaattggacattgatattgtttgaaatgtctgtaaaggatgcgagctaagtatatactgttgcatttaatgtagcagtattgtagaaaggatgctactttgttttctttgatcaatattgactgtgttcataagttttgaaaaacagcaataatatgaaattttatttatacctaattttctctccccccctctttcaatctattgctgtttaaattttgtgaatttttatttaaaaatgattatttaattattaaagaaaaatactttaattgagtatttttaatgtaattattctaaattaatattgtttgtaacattttgaattaatatttgtttggatatcattgttgcatgttaaattacctattatgtttttatgaacatcttatatatgatgcaatatgattgccgtccagaaatggtttggaccaataaatgtgcgccaaatttgtcaacatcttgttaactttcatcctttctacaaattctgctttagaaaattcttggaatttaaaaggatttttttattaatgtggacacatttcattttaagttggcattttaggtacataaaatggattttcatatcttgataataatttaaactcaaaatttaaatttgtcatttaatgaatattttgattgtttctattgtgatcttttagtaataatctttgattaaaatttttctttaggattatttttattgatttttccgagaagtatatttttataaaatgattttgtttactttgattttttttaatgtctcagaaatcagcaaactttacattttaaagctatttaaaaaaaaatgatcatttatgtttgaggttgttgctttttttaagttttacaaatagtgatagcgaagttattttttaattcatttagcatttaagtatttgtacattttttttccttaaaaaataatgatgagaatgaaaaacttttttatgttcatctgcaatgccttataattttatatttaatgcaaaacaaactaaaatatatttgaattctgcagaacagactataattatgttactgctttgattttattgtaactgtttttgtttgtgaaaaaaaaattggtcaaggtatgggatatcttatgttatttctgtgtagataagtaactttttgatttattctcaaatttttcattaaatattttactatcaatttttaaagggttaatatatttaattatattggtaaattagtatgtatgcattttttttaaatgtctcattcgtcaacaaatgatgagagaagaaacaagttgtctttcagtattgccttggtttcataaatatgtacgattctcaacacatgtgtatatagtgcatatttaatcacggcataaatgtaatcatgcacgagaagtttaatcattgcttaaaatatagcttataggacccggtagctgtacgagccaaatggtgttgcatgtattcctaccattcctttttatttttatggtatttaactaaatatccagctcttatttattaggcaaataactgt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ccgtagctatttaggtgccaaaacatcatctggaatttgaaagaaatttctgtgccaagtaattctgaaatgcattatcttgctgaaaatttttgatcatttcaacattgctgttttacttatttgatattttcaagtcctgtttatgtttggatacaatgagttttctgtgttaatgtgatctaatctttagaacatatcaagggttattattgtaatcaagtttccagtggcggtatcaaaaaatcgaaatatgaactatgcaaagttttttaattgaaagtgctattccagccatttgttgaaatgcatttatgtgtgaataaatgttgaatgtcattctctagaa
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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596.
[Full Text]