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2024-05-03 06:08:16, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)

LOCUS       XM_056083762           10349 bp    mRNA    linear   INV 12-MAY-2023
DEFINITION  PREDICTED: Argiope bruennichi protein argonaute-2-like
            (LOC129969264), transcript variant X3, mRNA.
ACCESSION   XM_056083762
VERSION     XM_056083762.1
DBLINK      BioProject: PRJNA970801
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Argiope bruennichi
  ORGANISM  Argiope bruennichi
            Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Chelicerata; Arachnida;
            Araneae; Araneomorphae; Entelegynae; Araneoidea; Araneidae;
            Argiope.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_079151) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_947563725.1-RS_2023_05
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.1
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 05/10/2023
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..10349
                     /organism="Argiope bruennichi"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:94029"
                     /chromosome="1"
     gene            1..10349
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="protein argonaute-2-like; Derived by automated
                     computational analysis using gene prediction method:
                     Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 25
                     Proteins"
                     /db_xref="GeneID:129969264"
     CDS             308..2935
                     /gene="LOC129969264"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-2-like isoform X3"
                     /protein_id="XP_055939737.1"
                     /db_xref="GeneID:129969264"
                     /translation="
MQQPPGGSQQPPDLPQFVCPRRPNLGTEGRPILLRANHFEIRMPRGYLHHYDVTITPDKCPRKVNREIIETMVQSYSKIFSNIKPVFDGRKNMYTRDDIPIGQDKMEFEVTLPGEGKDRVFRVAIKWLAKVSLFALEEALEGRTRTIPLDVIQALDVVMRHLPSMTFTPVGRSFFSSPDGYNHPLGGGREVWFGFHQSVRPSQWKMMLNIDVSATAFYKAQPVTDFLCEVLDIRDISEQKKPLTDSQRVKFTKEIKGLKIEITHCGAMRRKYRVCNVTRRPAQLQSFPLQLENGQTVECTVAKYFLDKYKMKLRYPHFPCLQVGQEHKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDMQTSTMIKATARSAPDREREINNLVSNTGQSSGSNTVRRANFNDDPYVHEFGLSISNTMMEVRGRILPPPKLQYGGRTKQQAIPNQGVWDMRGKQFHTGVEIRVWAIACFAPQRTCREDALRNFTQQLQKISNDAGMPIIGQPCFCKYATGAEQVEPMFRYLKSTFQGLQLVVVVLPGKTPVYAEVKRVGDTVLGMATQCVQSKNVNKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINSILVPNIRPKVFNEPVIFLGADVTHPPAGDNKKPSIAAVVGSMDGHPSRYAATVRVQQHRQEIIQDLASMVKELLIQFYKSTRFKPNRIIFYRDGVSEGQFHQVLTHELLAVREACMKLEADYKPGITFIVVQKRHHTRLFCSDKKEQIGKSGNIPAGTTVDVGITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNQFSADELQCLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVEKDHERQDLGGGSQSLNGDGSLQSTNGEDRNPLAMARAVTVHNDTNKVMYFA"
     misc_feature    395..784
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN;
                     pfam16486"
                     /db_xref="CDD:435368"
     misc_feature    812..964
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1;
                     pfam08699"
                     /db_xref="CDD:430160"
     misc_feature    965..1327
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(1121..1123,1166..1168,1208..1210,1220..1222,
                     1274..1276,1295..1297,1301..1303)
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    1406..1582
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="Argonaute linker 2 domain; Region: ArgoL2;
                     pfam16488"
                     /db_xref="CDD:435370"
     misc_feature    1496..2773
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1907..1909,1919..1921,1955..1966,1973..1975,
                     1997..1999,2006..2008,2018..2020,2030..2032)
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(2111..2113,2117..2119,2327..2329,2741..2743)
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     polyA_site      10349
                     /gene="LOC129969264"
                     /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"
ORIGIN      
ccgccattttctatacactcaaatccaacaagggggatataacgattctctaacggagggtgtaggggtcccctaaacatgtatcccttaggtcaactacttattatatacagagaataaggataattttgtactgctcgtaacttccagtaaaaagaacctcatgtattgagttttctcaaagaatttaatttctggacccgttaaacctgacgttctttacgcacctgggccagtggggccacctgcacgagccacacaacctttgacaccatcatctactcatccacctgcaggagctccaagtatgcagcagcccccgggtggatcgcagcaacctcctgaccttccccagtttgtctgcccccgcaggccaaatctgggcacagaaggtcggccaatcttattgcgagctaatcatttcgagattcggatgccaagaggatatttacaccactatgatgtcacaattacaccagacaaatgtcctcgaaaagtcaacagagaaatcattgaaacaatggtacagtcatattcaaaaatattttcaaatattaaaccagtatttgatggtagaaaaaatatgtacacaagagatgacattcccattggacaggataagatggaatttgaagtaaccttacctggcgaaggcaaagatagagtatttagggttgctataaaatggttagcaaaagtgagcttatttgcattagaagaagcacttgaaggcagaacacggacaattccattagatgttatacaagcccttgatgttgtaatgaggcatcttccaagcatgacgtttactcctgttgggagatcatttttctcatcaccagatggctataatcatccattaggaggaggacgagaagtttggtttggttttcatcaaagtgtgagacctagtcaatggaaaatgatgctaaacattgatgtgtctgctacagctttttacaaagcacaacctgtcactgatttcctgtgtgaagtattagatatcagagacataagtgagcaaaagaaacctctaacagattcgcaacgagtcaagttcaccaaagaaatcaagggacttaaaatagaaattacccactgtggtgctatgaggagaaaatacagagtatgcaatgttacacgcaggcctgctcagcttcaatcgtttcctcttcaacttgaaaatggacagactgtggagtgtactgttgcaaaatacttcttggataaatacaagatgaagctacggtatcctcatttcccatgcttacaagttggacaagaacacaagcatacatatcttcctttagaggtatgtaacatcgttgctggtcagaggtgcatcaagaaattaactgacatgcaaacatcaacaatgataaaggcaactgcacgctctgcgccagatagagaaagggagatcaataatcttgttagtaatactggtcaaagttctggttctaatacagtaagaagagcaaattttaacgatgatccttatgttcatgaatttggcttatccatcagtaatactatgatggaagtaagaggcagaatacttcctcctcctaagcttcaatatggaggcaggactaaacaacaggccataccaaatcaaggtgtatgggacatgcgtggcaaacagtttcatactggtgtagaaatcagagtgtgggccattgcatgttttgcaccacaacgcacatgcagggaggatgctttaagaaattttactcagcaattgcaaaaaattagcaatgatgctggcatgcccattattggacaaccttgcttttgcaaatatgctactggtgcagagcaagtggagcccatgtttcgctacctcaaatcaacattccaaggcttgcaactagtcgttgtagttcttccgggaaagacacctgtatatgctgaagttaagagagttggcgatactgtccttggaatggctacccagtgtgttcagtcaaagaatgttaataagacttccccacaaactctctccaatttatgtttaaaaattaatgtcaaattaggaggtataaatagcatacttgttcctaatattagacccaaagtgttcaatgaacctgtgatattccttggtgcagatgtgactcatccccctgctggagataataagaaaccttctatagcagcggttgttggcagtatggatggtcatcctagtagatatgcagctactgttagagtgcagcaacaccgacaagaaattatacaagatttggcatcaatggttaaagaattactcatacagttttacaaatcaacacgatttaaacctaacagaataatattttaccgagatggtgtatctgaagggcagtttcatcaggtgcttacccatgagcttttggcagttcgggaagcttgcatgaagttggaggccgattataaaccaggaataacttttattgttgttcagaaacgtcatcatactagattgttttgttctgataaaaaggaacaaattggtaaaagtggaaacataccagctggcacaacagtcgatgtgggtatcactcatccaactgaatttgatttttacctttgcagtcatgctggtatacagggcacgagtcgtccctctcattatcatgtactgtgggatgataatcagttctctgcagatgagcttcaatgtttaacttaccaactttgtcatacatacgtccgttgtaccagatcagtgtccattccagctcctgcttattatgctcatttggtagcatttcgagctcggtatcatttggttgagaaagatcatgaaaggcaagatttgggtggtggaagccaaagtctgaatggagacggcagtttacaatctaccaatggagaagaccgcaatccccttgcaatggctagagcagtcactgtgcacaatgacaccaataaagtgatgtattttgcataacacaattttcttgtgaacaaatctttcaaaaagtacaagagttagggctcaaattcatttgaagattgaaaattttctcttgatgtttttgatctttacatctgctgtgtccataaaaccaaaaaaaaaaaaggtacacatggaatcacacttattgctctcttaagttattgttttaatgatgtggttcaagttttcttcgtgtacaagctataccattgagctgctgttggtgccatgggactgtcgaaagaggaactttcgggaaaaggacttctctttttttttttcttctgttctctactgccatatatctggtcattctttaagtttacatttttaaacttcaaatcaagacgtgcttaagttttacagtgaagagctgttgtacagattaaatttcatttgtagcatcaatatttcatttcaagttttcacttggttgtgacaattttgatcttcatgctagacaaattcttggtcttcaataaatattgaattttagtcataataattgttggtcatcattatacaaattggacattgatattgtttgaaatgtctgtaaaggatgcgagctaagtatatactgttgcatttaatgtagcagtattgtagaaaggatgctactttgttttctttgatcaatattgactgtgttcataagttttgaaaaacagcaataatatgaaattttatttatacctaattttctctccccccctctttcaatctattgctgtttaaattttgtgaatttttatttaaaaatgattatttaattattaaagaaaaatactttaattgagtatttttaatgtaattattctaaattaatattgtttgtaacattttgaattaatatttgtttggatatcattgttgcatgttaaattacctattatgtttttatgaacatcttatatatgatgcaatatgattgccgtccagaaatggtttggaccaataaatgtgcgccaaatttgtcaacatcttgttaactttcatcctttctacaaattctgctttagaaaattcttggaatttaaaaggatttttttattaatgtggacacatttcattttaagttggcattttaggtacataaaatggattttcatatcttgataataatttaaactcaaaatttaaatttgtcatttaatgaatattttgattgtttctattgtgatcttttagtaataatctttgattaaaatttttctttaggattatttttattgatttttccgagaagtatatttttataaaatgattttgtttactttgattttttttaatgtctcagaaatcagcaaactttacattttaaagctatttaaaaaaaaatgatcatttatgtttgaggttgttgctttttttaagttttacaaatagtgatagcgaagttattttttaattcatttagcatttaagtatttgtacattttttttccttaaaaaataatgatgagaatgaaaaacttttttatgttcatctgcaatgccttataattttatatttaatgcaaaacaaactaaaatatatttgaattctgcagaacagactataattatgttactgctttgattttattgtaactgtttttgtttgtgaaaaaaaaattggtcaaggtatgggatatcttatgttatttctgtgtagataagtaactttttgatttattctcaaatttttcattaaatattttactatcaatttttaaagggttaatatatttaattatattggtaaattagtatgtatgcattttttttaaatgtctcattcgtcaacaaatgatgagagaagaaacaagttgtctttcagtattgccttggtttcataaatatgtacgattctcaacacatgtgtatatagtgcatatttaatcacggcataaatgtaatcatgcacgagaagtttaatcattgcttaaaatatagcttataggacccggtagctgtacgagccaaatggtgttgcatgtattcctaccattcctttttatttttatggtatttaactaaatatccagctcttatttattaggcaaataactgtcttgaatgttttatttttgatgtccaaggaagaatagaggctttttaaaaaaagctttctaatatcttcctgcaaatttattggaaaagattaatgtgcagttttttgtggagcatttagtgattttataagggatgctcctaataatcccaagtgccactttttaaccaaagattgagtttcaccttatgaatgtatgctagttcaagaaggaaaatatctaaatctagaatgagctttataaccgtaccttgtaagaatgaaccccggttgattttgtgtttagattatttattttccttattttgcataaaatgattcatatcatttaaattacataaattgatgtcagttttcaggttatgcattccatttaatacttatgcgatggcaccttttctgttgagcatgctcaatttaaattattttacattgtgctttttgttagaaattcacattagaaaatccaaatgtgaatgtgatttttcttaaactagttttcagaaatgatccattaagcatttccttgtgcagttttaaattttgaaatcttttgatttctgtatttgaagtgcacaggttggtactattttgggttttaaaatcataaattgttaattttttacaaataccaaagaaggatttaggatttctgcatcattttaaacttacttaattattttagaaagaaattgcaagataaacttatctccctttttctgatgtttgtatttgtgcttaatttgtggggtaggaagatgaagtatgatataattcatacatgtatgatagtgtacattttactaagtcgtatgtgaataattatatataaattttatgatcagttttgatgattaatgttgaaaagaaatcatatttttgtcaagtaaagcaaaatttcaatttttataaattacagtattaaaaaaaattaaacattatgctaaaaatatttttattaataagaaattaaatcttttttaaaattcattctttttctttaaaatttataaattggcaacgaaattttgaataatattgttttagtaggtaacttgttaaatgtataaaatacattgattcttttgaaattataattgttattttcttttaaaaactgggaaatatgttactcagaaaggtatgtagtatttaaaatctactgccttttttagtagcaaatattaaaaatgaaaaaagtttgattcaaacattgaaaatgttttcataaattttgtctgcttatcagattagcactgtatcgtgtgataaaaaaatgagggaagtgtcgcaaacatatgaactctaccttttagaatgagaatatttcaggtctcagtattgcttgagaaccatacccttgacgtgttcatttatgttctacttgtattgaacgtgcaaatatattttttgaaatatatttatcttattaacataaaatcagtcttaagtaatgctttagtctttcactagatttcttctgtaaattaagtttgtaaaaaggattcatctgttaggtagtgatctttaattttttatatcatattctgtgaataaatgcaaaatcttagatattgtacgatctgttagcctgcatatttcaattttcccctctattcacattgctttcttgtaattgttgcatggttttgaaaattgttgtagctttttagttttgcatgtaaaatatacaaaattgtttaatcctggaatgaatgaatcagttaagatgtaaaatagtatgcatttattttaatgcatattttttatattaaaattgatttcagtcattatgtacactgcaattttttttacaatatatgcttttttattttctgcatgtaattttatttgccaaataatgatttcttatgtgttagtatggctttggagaatcaaattaaaggtgtgctttttgtgactgttgtataatttgtgttcttgtgtagtaacagtcaaagtttagttaaagtatatatgtgattattgggaagattcattatttagtatttatgctattttttgtattaagtgagcacattgctttgaattttctctttttgttcaatttgtagataaatttaaacatttttttaagtgcatttcatgaaaaaaattaacttattatatttgtcctatttttaatataaataacgtagacactcataaatacatttctagattagatttcattttagtttttatttattttattttttctgttcactcataataattttaatatattatgcacatcttaattacaattttagctatgtgcacaaatgtatttgtagaaattaggtatgttaattttctcactttcacattaactaaacaagttttccgcatacatatttttattgttacatctaattctgtcacattctttttttgtatgtatgatctttattttatccagatagtttagatctttcatataattgtatttattaccgaattgagtttcatcctgtagaagcgttgaaagtgataaattttcaatgaaatagatttaaaattttaagttgaaaaggtgacttcttaattacttgtaaatattctatgaatacttattgtatacttgtaagataacatatttacttaattttaattaaagcattgcatttttatttaatcctttccttccaattgttatttgaaattagttagacttatatttatatgacgtatgtttaatggattacattagtatataaagtacatttttttgtatcaaaattatttatatgcattcttataaaaatattcagattatgtgcatgaagggactgttttttatgttgaattggaaatttcacgtaatattatttttctgtatgaaggatattttatctatttcaaacacaagtgatatattcacattaatattattggtgatcaaattattatttttttcattttaatggatggtttaaaaaatcatatttttaaaaatatatatatttatctagcaaaattatctttgttcatctgaggaaagcactaatttttaatatttgttgggttcagtgcatacaatttttaccccctcatggttctttgtttagatacttatgatctacaaaaatgcagataacaataaactcccaattatccatgcaactggttggtacatagcaattgtagataaacaagttctgctgataattttttacgcaacaattctacacaatattcttgaacaatttttcttttcaacttggggctcatacatagaaatgtgatttaataaaaaataattttaaaaaaattggtttttgtatttatgtgttaaaatacctctgttttaatttggaattgaatttttttaataaaatttttataatggatttttttgggaagtttatgggcaattgagagtttactgttattgatttcttctttgcgtttcaatatccatttagttggggcattattgtgaagatatttgtaaaattgtatttccatttgatgtattttatatcatttaacattttggacaacatgttacttcatgtaatatatggtttgcttgacatgtcctttttcataaatttatattctttcttagtttatgaaattgctttctgaaatatgttggaggaatataaaaacatagtcttgtgaaagacttcctttttttatatttttcagtgctaaccaatgaatgataattgagaaaattttgttgtctcttgaaaggataattaattcgccttaaaatttagatccacatgaagttaattttttcagaacaatatgtaataatactgttttatttgaaatttgttaaagttttaagcaatggatttttaattccttccataattaatttttgcagatatgttctcaattttatgattataattttttgcttatatttggtaccattttttacattttttggaatcagaatctaaaaaattgtgtacaagatggataatttctttgggagacagggagggaataaaagttctcaaatgcatttgatggaaaagatggattgtttctgaaagatgtgcaaacctcttttccctgtactttatgtaaatattagcatatgggcattgttgttgcatagggttatatatattgtgaaaggtttggtatttggaaaagaattgctgaagcaggagataaatgcacacctatcagcattttgttatagtatatagtgtaaattacaagactaagatttctagtttcattttacttaagatttattaacattttagatttatatatttcaattcagcttactaaatacttgctaaattcaatattcagaccctttatttttattgtggaataaatatatatatgtatattacatgaaagcagacttaaatgtttgttcaaacataaactgcataaaattattattgtattgaatagtataaatattgtttctgatataaattaatctttccagtatatctaaagtatgtttttaattttcataatagtcaaaatataaaaatgtgttaatttttaagtgctagaaatatttctagatacatttccaaaggaaattcattgagtctttgtttcattctaatttttttgtagcattcttttattaaaaaaaaggaaagccttagaacaaaactcactttaatatgcatattttcagttcacaaatatatttgaatggcttttagtagtagcattgtgtgataattgatgttatttaaaattttgaccaagttccgtattattctcatattgattctttgctcatgcaatttttctaagtagttattaagaaattcttccgagacagctcgaaactcagtttaatcattcatatataaatatttccatttaaaaacatcagcaacatttcctaaagaacagctgtggttaactacttagtctaatgtttaacaaagtgcttgctacagactttcaaaatcgtatattaaatcaaaaatttaagataaaaagttcattaaattttaacttatgaaaatatttccttcttttcaaatgaaattccgtagctatttaggtgccaaaacatcatctggaatttgaaagaaatttctgtgccaagtaattctgaaatgcattatcttgctgaaaatttttgatcatttcaacattgctgttttacttatttgatattttcaagtcctgtttatgtttggatacaatgagttttctgtgttaatgtgatctaatctttagaacatatcaagggttattattgtaatcaagtttccagtggcggtatcaaaaaatcgaaatatgaactatgcaaagttttttaattgaaagtgctattccagccatttgttgaaatgcatttatgtgtgaataaatgttgaatgtcattctctagaa
//

by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).

If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596. [Full Text]