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2024-05-03 01:52:31, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)

LOCUS       XM_056083753           10216 bp    mRNA    linear   INV 12-MAY-2023
DEFINITION  PREDICTED: Argiope bruennichi protein argonaute-2-like
            (LOC129969264), transcript variant X2, mRNA.
ACCESSION   XM_056083753
VERSION     XM_056083753.1
DBLINK      BioProject: PRJNA970801
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Argiope bruennichi
  ORGANISM  Argiope bruennichi
            Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Chelicerata; Arachnida;
            Araneae; Araneomorphae; Entelegynae; Araneoidea; Araneidae;
            Argiope.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_079151) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_947563725.1-RS_2023_05
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.1
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 05/10/2023
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..10216
                     /organism="Argiope bruennichi"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:94029"
                     /chromosome="1"
     gene            1..10216
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="protein argonaute-2-like; Derived by automated
                     computational analysis using gene prediction method:
                     Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 24
                     Proteins"
                     /db_xref="GeneID:129969264"
     CDS             106..2802
                     /gene="LOC129969264"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-2-like isoform X2"
                     /protein_id="XP_055939728.1"
                     /db_xref="GeneID:129969264"
                     /translation="
MYPLGQPPGPVGPPARATQPLTPSSTHPPAGAPSMQQPPGGSQQPPDLPQFVCPRRPNLGTEGRPILLRANHFEIRMPRGYLHHYDVTITPDKCPRKVNREIIETMVQSYSKIFSNIKPVFDGRKNMYTRDDIPIGQDKMEFEVTLPGEGKDRVFRVAIKWLAKVSLFALEEALEGRTRTIPLDVIQALDVVMRHLPSMTFTPVGRSFFSSPDGYNHPLGGGREVWFGFHQSVRPSQWKMMLNIDVSATAFYKAQPVTDFLCEVLDIRDISEQKKPLTDSQRVKFTKEIKGLKIEITHCGAMRRKYRVCNVTRRPAQLQSFPLQLENGQTVECTVAKYFLDKYKMKLRYPHFPCLQVGQEHKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDMQTSTMIKATARSAPDREREINNLVSNTGQSSGSNTVRRANFNDDPYVHEFGLSISNTMMEVRGRILPPPKLQYGGRTKQQAIPNQGVWDMRGKQFHTGVEIRVWAIACFAPQRTCREDALRNFTQQLQKISNDAGMPIIGQPCFCKYATGAEQVEPMFRYLKSTFQGLQLVVVVLPGKTPVYAEVKRVGDTVLGMATQCVQSKNVNKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINSILVPNIRPKVFNEPVIFLGADVTHPPAGDNKKPSIAAVVGSMDGHPSRYAATVRVQQHRQEIIQDLASMVKELLIQFYKSTRFKPNRIIFYRDGVSEGQFHQVLTHELLAVREACMKLEADYKPGITFIVVQKRHHTRLFCSDKKEQIGKSGNIPAGTTVDVGITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNQFSADELQCLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVEKDHESGDGSLQSTNGEDRNPLAMARAVTVHNDTNKVMYFA"
     misc_feature    295..684
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN;
                     pfam16486"
                     /db_xref="CDD:435368"
     misc_feature    712..864
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1;
                     pfam08699"
                     /db_xref="CDD:430160"
     misc_feature    865..1227
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(1021..1023,1066..1068,1108..1110,1120..1122,
                     1174..1176,1195..1197,1201..1203)
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    1306..1482
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="Argonaute linker 2 domain; Region: ArgoL2;
                     pfam16488"
                     /db_xref="CDD:435370"
     misc_feature    1396..2673
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(1807..1809,1819..1821,1855..1866,1873..1875,
                     1897..1899,1906..1908,1918..1920,1930..1932)
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(2011..2013,2017..2019,2227..2229,2641..2643)
                     /gene="LOC129969264"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     polyA_site      10216
                     /gene="LOC129969264"
                     /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"
ORIGIN      
cttggcaacagctaggtgcgttttgatccgccattttctatacactcaaatccaacaagggggatataacgattctctaacggagggtgtaggggtcccctaaacatgtatcccttaggtcaaccacctgggccagtggggccacctgcacgagccacacaacctttgacaccatcatctactcatccacctgcaggagctccaagtatgcagcagcccccgggtggatcgcagcaacctcctgaccttccccagtttgtctgcccccgcaggccaaatctgggcacagaaggtcggccaatcttattgcgagctaatcatttcgagattcggatgccaagaggatatttacaccactatgatgtcacaattacaccagacaaatgtcctcgaaaagtcaacagagaaatcattgaaacaatggtacagtcatattcaaaaatattttcaaatattaaaccagtatttgatggtagaaaaaatatgtacacaagagatgacattcccattggacaggataagatggaatttgaagtaaccttacctggcgaaggcaaagatagagtatttagggttgctataaaatggttagcaaaagtgagcttatttgcattagaagaagcacttgaaggcagaacacggacaattccattagatgttatacaagcccttgatgttgtaatgaggcatcttccaagcatgacgtttactcctgttgggagatcatttttctcatcaccagatggctataatcatccattaggaggaggacgagaagtttggtttggttttcatcaaagtgtgagacctagtcaatggaaaatgatgctaaacattgatgtgtctgctacagctttttacaaagcacaacctgtcactgatttcctgtgtgaagtattagatatcagagacataagtgagcaaaagaaacctctaacagattcgcaacgagtcaagttcaccaaagaaatcaagggacttaaaatagaaattacccactgtggtgctatgaggagaaaatacagagtatgcaatgttacacgcaggcctgctcagcttcaatcgtttcctcttcaacttgaaaatggacagactgtggagtgtactgttgcaaaatacttcttggataaatacaagatgaagctacggtatcctcatttcccatgcttacaagttggacaagaacacaagcatacatatcttcctttagaggtatgtaacatcgttgctggtcagaggtgcatcaagaaattaactgacatgcaaacatcaacaatgataaaggcaactgcacgctctgcgccagatagagaaagggagatcaataatcttgttagtaatactggtcaaagttctggttctaatacagtaagaagagcaaattttaacgatgatccttatgttcatgaatttggcttatccatcagtaatactatgatggaagtaagaggcagaatacttcctcctcctaagcttcaatatggaggcaggactaaacaacaggccataccaaatcaaggtgtatgggacatgcgtggcaaacagtttcatactggtgtagaaatcagagtgtgggccattgcatgttttgcaccacaacgcacatgcagggaggatgctttaagaaattttactcagcaattgcaaaaaattagcaatgatgctggcatgcccattattggacaaccttgcttttgcaaatatgctactggtgcagagcaagtggagcccatgtttcgctacctcaaatcaacattccaaggcttgcaactagtcgttgtagttcttccgggaaagacacctgtatatgctgaagttaagagagttggcgatactgtccttggaatggctacccagtgtgttcagtcaaagaatgttaataagacttccccacaaactctctccaatttatgtttaaaaattaatgtcaaattaggaggtataaatagcatacttgttcctaatattagacccaaagtgttcaatgaacctgtgatattccttggtgcagatgtgactcatccccctgctggagataataagaaaccttctatagcagcggttgttggcagtatggatggtcatcctagtagatatgcagctactgttagagtgcagcaacaccgacaagaaattatacaagatttggcatcaatggttaaagaattactcatacagttttacaaatcaacacgatttaaacctaacagaataatattttaccgagatggtgtatctgaagggcagtttcatcaggtgcttacccatgagcttttggcagttcgggaagcttgcatgaagttggaggccgattataaaccaggaataacttttattgttgttcagaaacgtcatcatactagattgttttgttctgataaaaaggaacaaattggtaaaagtggaaacataccagctggcacaacagtcgatgtgggtatcactcatccaactgaatttgatttttacctttgcagtcatgctggtatacagggcacgagtcgtccctctcattatcatgtactgtgggatgataatcagttctctgcagatgagcttcaatgtttaacttaccaactttgtcatacatacgtccgttgtaccagatcagtgtccattccagctcctgcttattatgctcatttggtagcatttcgagctcggtatcatttggttgagaaagatcatgaaagtggagacggcagtttacaatctaccaatggagaagaccgcaatccccttgcaatggctagagcagtcactgtgcacaatgacaccaataaagtgatgtattttgcataacacaattttcttgtgaacaaatctttcaaaaagtacaagagttagggctcaaattcatttgaagattgaaaattttctcttgatgtttttgatctttacatctgctgtgtccataaaaccaaaaaaaaaaaaggtacacatggaatcacacttattgctctcttaagttattgttttaatgatgtggttcaagttttcttcgtgtacaagctataccattgagctgctgttggtgccatgggactgtcgaaagaggaactttcgggaaaaggacttctctttttttttttcttctgttctctactgccatatatctggtcattctttaagtttacatttttaaacttcaaatcaagacgtgcttaagttttacagtgaagagctgttgtacagattaaatttcatttgtagcatcaatatttcatttcaagttttcacttggttgtgacaattttgatcttcatgctagacaaattcttggtcttcaataaatattgaattttagtcataataattgttggtcatcattatacaaattggacattgatattgtttgaaatgtctgtaaaggatgcgagctaagtatatactgttgcatttaatgtagcagtattgtagaaaggatgctactttgttttctttgatcaatattgactgtgttcataagttttgaaaaacagcaataatatgaaattttatttatacctaattttctctccccccctctttcaatctattgctgtttaaattttgtgaatttttatttaaaaatgattatttaattattaaagaaaaatactttaattgagtatttttaatgtaattattctaaattaatattgtttgtaacattttgaattaatatttgtttggatatcattgttgcatgttaaattacctattatgtttttatgaacatcttatatatgatgcaatatgattgccgtccagaaatggtttggaccaataaatgtgcgccaaatttgtcaacatcttgttaactttcatcctttctacaaattctgctttagaaaattcttggaatttaaaaggatttttttattaatgtggacacatttcattttaagttggcattttaggtacataaaatggattttcatatcttgataataatttaaactcaaaatttaaatttgtcatttaatgaatattttgattgtttctattgtgatcttttagtaataatctttgattaaaatttttctttaggattatttttattgatttttccgagaagtatatttttataaaatgattttgtttactttgattttttttaatgtctcagaaatcagcaaactttacattttaaagctatttaaaaaaaaatgatcatttatgtttgaggttgttgctttttttaagttttacaaatagtgatagcgaagttattttttaattcatttagcatttaagtatttgtacattttttttccttaaaaaataatgatgagaatgaaaaacttttttatgttcatctgcaatgccttataattttatatttaatgcaaaacaaactaaaatatatttgaattctgcagaacagactataattatgttactgctttgattttattgtaactgtttttgtttgtgaaaaaaaaattggtcaaggtatgggatatcttatgttatttctgtgtagataagtaactttttgatttattctcaaatttttcattaaatattttactatcaatttttaaagggttaatatatttaattatattggtaaattagtatgtatgcattttttttaaatgtctcattcgtcaacaaatgatgagagaagaaacaagttgtctttcagtattgccttggtttcataaatatgtacgattctcaacacatgtgtatatagtgcatatttaatcacggcataaatgtaatcatgcacgagaagtttaatcattgcttaaaatatagcttataggacccggtagctgtacgagccaaatggtgttgcatgtattcctaccattcctttttatttttatggtatttaactaaatatccagctcttatttattaggcaaataactgtcttgaatgttttatttttgatgtccaaggaagaatagaggctttttaaaaaaagctttctaatatcttcctgcaaatttattggaaaagattaatgtgcagttttttgtggagcatttagtgattttataagggatgctcctaataatcccaagtgccactttttaaccaaagattgagtttcaccttatgaatgtatgctagttcaagaaggaaaatatctaaatctagaatgagctttataaccgtaccttgtaagaatgaaccccggttgattttgtgtttagattatttattttccttattttgcataaaatgattcatatcatttaaattacataaattgatgtcagttttcaggttatgcattccatttaatacttatgcgatggcaccttttctgttgagcatgctcaatttaaattattttacattgtgctttttgttagaaattcacattagaaaatccaaatgtgaatgtgatttttcttaaactagttttcagaaatgatccattaagcatttccttgtgcagttttaaattttgaaatcttttgatttctgtatttgaagtgcacaggttggtactattttgggttttaaaatcataaattgttaattttttacaaataccaaagaaggatttaggatttctgcatcattttaaacttacttaattattttagaaagaaattgcaagataaacttatctccctttttctgatgtttgtatttgtgcttaatttgtggggtaggaagatgaagtatgatataattcatacatgtatgatagtgtacattttactaagtcgtatgtgaataattatatataaattttatgatcagttttgatgattaatgttgaaaagaaatcatatttttgtcaagtaaagcaaaatttcaatttttataaattacagtattaaaaaaaattaaacattatgctaaaaatatttttattaataagaaattaaatcttttttaaaattcattctttttctttaaaatttataaattggcaacgaaattttgaataatattgttttagtaggtaacttgttaaatgtataaaatacattgattcttttgaaattataattgttattttcttttaaaaactgggaaatatgttactcagaaaggtatgtagtatttaaaatctactgccttttttagtagcaaatattaaaaatgaaaaaagtttgattcaaacattgaaaatgttttcataaattttgtctgcttatcagattagcactgtatcgtgtgataaaaaaatgagggaagtgtcgcaaacatatgaactctaccttttagaatgagaatatttcaggtctcagtattgcttgagaaccatacccttgacgtgttcatttatgttctacttgtattgaacgtgcaaatatattttttgaaatatatttatcttattaacataaaatcagtcttaagtaatgctttagtctttcactagatttcttctgtaaattaagtttgtaaaaaggattcatctgttaggtagtgatctttaattttttatatcatattctgtgaataaatgcaaaatcttagatattgtacgatctgttagcctgcatatttcaattttcccctctattcacattgctttcttgtaattgttgcatggttttgaaaattgttgtagctttttagttttgcatgtaaaatatacaaaattgtttaatcctggaatgaatgaatcagttaagatgtaaaatagtatgcatttattttaatgcatattttttatattaaaattgatttcagtcattatgtacactgcaattttttttacaatatatgcttttttattttctgcatgtaattttatttgccaaataatgatttcttatgtgttagtatggctttggagaatcaaattaaaggtgtgctttttgtgactgttgtataatttgtgttcttgtgtagtaacagtcaaagtttagttaaagtatatatgtgattattgggaagattcattatttagtatttatgctattttttgtattaagtgagcacattgctttgaattttctctttttgttcaatttgtagataaatttaaacatttttttaagtgcatttcatgaaaaaaattaacttattatatttgtcctatttttaatataaataacgtagacactcataaatacatttctagattagatttcattttagtttttatttattttattttttctgttcactcataataattttaatatattatgcacatcttaattacaattttagctatgtgcacaaatgtatttgtagaaattaggtatgttaattttctcactttcacattaactaaacaagttttccgcatacatatttttattgttacatctaattctgtcacattctttttttgtatgtatgatctttattttatccagatagtttagatctttcatataattgtatttattaccgaattgagtttcatcctgtagaagcgttgaaagtgataaattttcaatgaaatagatttaaaattttaagttgaaaaggtgacttcttaattacttgtaaatattctatgaatacttattgtatacttgtaagataacatatttacttaattttaattaaagcattgcatttttatttaatcctttccttccaattgttatttgaaattagttagacttatatttatatgacgtatgtttaatggattacattagtatataaagtacatttttttgtatcaaaattatttatatgcattcttataaaaatattcagattatgtgcatgaagggactgttttttatgttgaattggaaatttcacgtaatattatttttctgtatgaaggatattttatctatttcaaacacaagtgatatattcacattaatattattggtgatcaaattattatttttttcattttaatggatggtttaaaaaatcatatttttaaaaatatatatatttatctagcaaaattatctttgttcatctgaggaaagcactaatttttaatatttgttgggttcagtgcatacaatttttaccccctcatggttctttgtttagatacttatgatctacaaaaatgcagataacaataaactcccaattatccatgcaactggttggtacatagcaattgtagataaacaagttctgctgataattttttacgcaacaattctacacaatattcttgaacaatttttcttttcaacttggggctcatacatagaaatgtgatttaataaaaaataattttaaaaaaattggtttttgtatttatgtgttaaaatacctctgttttaatttggaattgaatttttttaataaaatttttataatggatttttttgggaagtttatgggcaattgagagtttactgttattgatttcttctttgcgtttcaatatccatttagttggggcattattgtgaagatatttgtaaaattgtatttccatttgatgtattttatatcatttaacattttggacaacatgttacttcatgtaatatatggtttgcttgacatgtcctttttcataaatttatattctttcttagtttatgaaattgctttctgaaatatgttggaggaatataaaaacatagtcttgtgaaagacttcctttttttatatttttcagtgctaaccaatgaatgataattgagaaaattttgttgtctcttgaaaggataattaattcgccttaaaatttagatccacatgaagttaattttttcagaacaatatgtaataatactgttttatttgaaatttgttaaagttttaagcaatggatttttaattccttccataattaatttttgcagatatgttctcaattttatgattataattttttgcttatatttggtaccattttttacattttttggaatcagaatctaaaaaattgtgtacaagatggataatttctttgggagacagggagggaataaaagttctcaaatgcatttgatggaaaagatggattgtttctgaaagatgtgcaaacctcttttccctgtactttatgtaaatattagcatatgggcattgttgttgcatagggttatatatattgtgaaaggtttggtatttggaaaagaattgctgaagcaggagataaatgcacacctatcagcattttgttatagtatatagtgtaaattacaagactaagatttctagtttcattttacttaagatttattaacattttagatttatatatttcaattcagcttactaaatacttgctaaattcaatattcagaccctttatttttattgtggaataaatatatatatgtatattacatgaaagcagacttaaatgtttgttcaaacataaactgcataaaattattattgtattgaatagtataaatattgtttctgatataaattaatctttccagtatatctaaagtatgtttttaattttcataatagtcaaaatataaaaatgtgttaatttttaagtgctagaaatatttctagatacatttccaaaggaaattcattgagtctttgtttcattctaatttttttgtagcattcttttattaaaaaaaaggaaagccttagaacaaaactcactttaatatgcatattttcagttcacaaatatatttgaatggcttttagtagtagcattgtgtgataattgatgttatttaaaattttgaccaagttccgtattattctcatattgattctttgctcatgcaatttttctaagtagttattaagaaattcttccgagacagctcgaaactcagtttaatcattcatatataaatatttccatttaaaaacatcagcaacatttcctaaagaacagctgtggttaactacttagtctaatgtttaacaaagtgcttgctacagactttcaaaatcgtatattaaatcaaaaatttaagataaaaagttcattaaattttaacttatgaaaatatttccttcttttcaaatgaaattccgtagctatttaggtgccaaaacatcatctggaatttgaaagaaatttctgtgccaagtaattctgaaatgcattatcttgctgaaaatttttgatcatttcaacattgctgttttacttatttgatattttcaagtcctgtttatgtttggatacaatgagttttctgtgttaatgtgatctaatctttagaacatatcaagggttattattgtaatcaagtttccagtggcggtatcaaaaaatcgaaatatgaactatgcaaagttttttaattgaaagtgctattccagccatttgttgaaatgcatttatgtgtgaataaatgttgaatgtcattctctagaa
//

by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).

If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596. [Full Text]