2024-05-03 09:21:46, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)
LOCUS XM_056083745 10249 bp mRNA linear INV 12-MAY-2023 DEFINITION PREDICTED: Argiope bruennichi protein argonaute-2-like (LOC129969264), transcript variant X1, mRNA. ACCESSION XM_056083745 VERSION XM_056083745.1 DBLINK BioProject: PRJNA970801 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Argiope bruennichi ORGANISM Argiope bruennichi Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Chelicerata; Arachnida; Araneae; Araneomorphae; Entelegynae; Araneoidea; Araneidae; Argiope. COMMENT MODEL REFSEQ: This record is predicted by automated computational analysis. This record is derived from a genomic sequence (NC_079151) annotated using gene prediction method: Gnomon. Also see: Documentation of NCBI's Annotation Process ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI RefSeq Annotation Status :: Full annotation Annotation Name :: GCF_947563725.1-RS_2023_05 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 10.1 Annotation Method :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA Annotation Date :: 05/10/2023 ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..10249 /organism="Argiope bruennichi" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:94029" /chromosome="1" gene 1..10249 /gene="LOC129969264" /note="protein argonaute-2-like; Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 25 Proteins" /db_xref="GeneID:129969264" CDS 106..2835 /gene="LOC129969264" /codon_start=1 /product="protein argonaute-2-like isoform X1" /protein_id="XP_055939720.1" /db_xref="GeneID:129969264" /translation="
MYPLGQPPGPVGPPARATQPLTPSSTHPPAGAPSMQQPPGGSQQPPDLPQFVCPRRPNLGTEGRPILLRANHFEIRMPRGYLHHYDVTITPDKCPRKVNREIIETMVQSYSKIFSNIKPVFDGRKNMYTRDDIPIGQDKMEFEVTLPGEGKDRVFRVAIKWLAKVSLFALEEALEGRTRTIPLDVIQALDVVMRHLPSMTFTPVGRSFFSSPDGYNHPLGGGREVWFGFHQSVRPSQWKMMLNIDVSATAFYKAQPVTDFLCEVLDIRDISEQKKPLTDSQRVKFTKEIKGLKIEITHCGAMRRKYRVCNVTRRPAQLQSFPLQLENGQTVECTVAKYFLDKYKMKLRYPHFPCLQVGQEHKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDMQTSTMIKATARSAPDREREINNLVSNTGQSSGSNTVRRANFNDDPYVHEFGLSISNTMMEVRGRILPPPKLQYGGRTKQQAIPNQGVWDMRGKQFHTGVEIRVWAIACFAPQRTCREDALRNFTQQLQKISNDAGMPIIGQPCFCKYATGAEQVEPMFRYLKSTFQGLQLVVVVLPGKTPVYAEVKRVGDTVLGMATQCVQSKNVNKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINSILVPNIRPKVFNEPVIFLGADVTHPPAGDNKKPSIAAVVGSMDGHPSRYAATVRVQQHRQEIIQDLASMVKELLIQFYKSTRFKPNRIIFYRDGVSEGQFHQVLTHELLAVREACMKLEADYKPGITFIVVQKRHHTRLFCSDKKEQIGKSGNIPAGTTVDVGITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNQFSADELQCLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVEKDHERQDLGGGSQSLNGDGSLQSTNGEDRNPLAMARAVTVHNDTNKVMYFA"
misc_feature 295..684 /gene="LOC129969264" /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN; pfam16486" /db_xref="CDD:435368" misc_feature 712..864 /gene="LOC129969264" /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1; pfam08699" /db_xref="CDD:430160" misc_feature 865..1227 /gene="LOC129969264" /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is an endonuclease that plays a key role in the RNA interference pathway. The PAZ domain has been named after the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region: PAZ_argonaute_like; cd02846" /db_xref="CDD:239212" misc_feature order(1021..1023,1066..1068,1108..1110,1120..1122, 1174..1176,1195..1197,1201..1203) /gene="LOC129969264" /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide binding]; other site" /db_xref="CDD:239212" misc_feature 1306..1482 /gene="LOC129969264" /note="Argonaute linker 2 domain; Region: ArgoL2; pfam16488" /db_xref="CDD:435370" misc_feature 1396..2673 /gene="LOC129969264" /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is the central component of the RNA-induced silencing complex (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the C-terminal portion of Argonaute and consists of two subdomains, one of which provides the...; Region: Piwi_ago-like; cd04657" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1807..1809,1819..1821,1855..1866,1873..1875, 1897..1899,1906..1908,1918..1920,1930..1932) /gene="LOC129969264" /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(2011..2013,2017..2019,2227..2229,2641..2643) /gene="LOC129969264" /note="active site" /db_xref="CDD:240015" polyA_site 10249 /gene="LOC129969264" /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]" ORIGIN
cttggcaacagctaggtgcgttttgatccgccattttctatacactcaaatccaacaagggggatataacgattctctaacggagggtgtaggggtcccctaaacatgtatcccttaggtcaaccacctgggccagtggggccacctgcacgagccacacaacctttgacaccatcatctactcatccacctgcaggagctccaagtatgcagcagcccccgggtggatcgcagcaacctcctgaccttccccagtttgtctgcccccgcaggccaaatctgggcacagaaggtcggccaatcttattgcgagctaatcatttcgagattcggatgccaagaggatatttacaccactatgatgtcacaattacaccagacaaatgtcctcgaaaagtcaacagagaaatcattgaaacaatggtacagtcatattcaaaaatattttcaaatattaaaccagtatttgatggtagaaaaaatatgtacacaagagatgacattcccattggacaggataagatggaatttgaagtaaccttacctggcgaaggcaaagatagagtatttagggttgctataaaatggttagcaaaagtgagcttatttgcattagaagaagcacttgaaggcagaacacggacaattccattagatgttatacaagcccttgatgttgtaatgaggcatcttccaagcatgacgtttactcctgttgggagatcatttttctcatcaccagatggctataatcatccattaggaggaggacgagaagtttggtttggttttcatcaaagtgtgagacctagtcaatggaaaatgatgctaaacattgatgtgtctgctacagctttttacaaagcacaacctgtcactgatttcctgtgtgaagtattagatatcagagacataagtgagcaaaagaaacctctaacagattcgcaacgagtcaagttcaccaaagaaatcaagggacttaaaatagaaattacccactgtggtgctatgaggagaaaatacagagtatgcaatgttacacgcaggcctgctcagcttcaatcgtttcctcttcaacttgaaaatggacagactgtggagtgtactgttgcaaaatacttcttggataaatacaagatgaagctacggtatcctcatttcccatgcttacaagttggacaagaacacaagcatacatatcttcctttagaggtatgtaacatcgttgctggtcagaggtgcatcaagaaattaactgacatgcaaacatcaacaatgataaaggcaactgcacgctctgcgccagatagagaaagggagatcaataatcttgttagtaatactggtcaaagttctggttctaatacagtaagaagagcaaattttaacgatgatccttatgttcatgaatttggcttatccatcagtaatactatgatggaagtaagaggcagaatacttcctcctcctaagcttcaatatggaggcaggactaaacaacaggccataccaaatcaaggtgtatgggacatgcgtggcaaacagtttcatactggtgtagaaatcagagtgtgggccattgcatgttttgcaccacaacgcacatgcagggaggatgctttaagaaattttactcagcaattgcaaaaaattagcaatgatgctggcatgcccattattggacaaccttgcttttgcaaatatgctactggtgcagagcaagtggagcccatgtttcgctacctcaaatcaacattccaaggcttgcaactagtcgttgtagttcttccgggaaagacacctgtatatgctgaagttaagagagttggcgatactgtccttggaatggctacccagtgtgttcagtcaaagaatgttaataagacttccccacaaactctctccaatttatgtttaaaaattaatgtcaaattaggaggtataaatagcatacttgttcctaatattagacccaaagtgttcaatgaacctgtgatattccttggtgcagatgtgactcatccccctgctggagataataagaaaccttctatagcagcggttgttggcagtatggatggtcatcctagtagatatgcagctactgttagagtgcagcaacaccgacaagaaattatacaagatttggcatcaatggttaaagaattactcatacagttttacaaatcaacacgatttaaacctaacagaataatattttaccgagatggtgtatctgaagggcagtttcatcaggtgcttacccatgagcttttggcagttcgggaagcttgcatgaagttggaggccgattataaaccaggaataacttttattgttgttcagaaacgtcatcatactagattgttttgttctgataaaaaggaacaaattggtaaaagtggaaacataccagctggcacaacagtcgatgtgggtatcactcatccaactgaatttgatttttacctttgcagtcatgctggtatacagggcacgagtcgtccctctcattatcatgtactgtgggatgataatcagttctctgcagatgagcttcaatgtttaacttaccaactttgtcatacatacgtccgttgtaccagatcagtgtccattccagctcctgcttattatgctcatttggtagcatttcgagctcggtatcatttggttgagaaagatcatgaaaggcaagatttgggtggtggaagccaaagtctgaatggagacggcagtttacaatctaccaatggagaagaccgcaatccccttgcaatggctagagcagtcactgtgcacaatgacaccaataaagtgatgtattttgcataacacaattttcttgtgaacaaatctttcaaaaagtacaagagttagggctcaaattcatttgaagattgaaaattttctcttgatgtttttgatctttacatctgctgtgtccataaaaccaaaaaaaaaaaaggtacacatggaatcacacttattgctctcttaagttattgttttaatgatgtggttcaagttttcttcgtgtacaagctataccattgagctgctgttggtgccatgggactgtcgaaagaggaactttcgggaaaaggacttctctttttttttttcttctgttctctactgccatatatctggtcattctttaagtttacatttttaaacttcaaatcaagacgtgcttaagttttacagtgaagagctgttgtacagattaaatttcatttgtagcatcaatatttcatttcaagttttcacttggttgtgacaattttgatcttcatgctagacaaattcttggtcttcaataaatattgaattttagtcataataattgttggtcatcattatacaaattggacattgatattgtttgaaatgtctgtaaaggatgcgagctaagtatatactgttgcatttaatgtagcagtattgtagaaaggatgctactttgttttctttgatcaatattgactgtgttcataagttttgaaaaacagcaataatatgaaattttatttatacctaattttctctccccccctctttcaatctattgctgtttaaattttgtgaatttttatttaaaaatgattatttaattattaaagaaaaatactttaattgagtatttttaatgtaattattctaaattaatattgtttgtaacattttgaattaatatttgtttggatatcattgttgcatgttaaattacctattatgtttttatgaacatcttatatatgatgcaatatgattgccgtccagaaatggtttggaccaataaatgtgcgccaaatttgtcaacatcttgttaactttcatcctttctacaaattctgctttagaaaattcttggaatttaaaaggatttttttattaatgtggacacatttcattttaagttggcattttaggtacataaaatggattttcatatcttgataataatttaaactcaaaatttaaatttgtcatttaatgaatattttgattgtttctattgtgatcttttagtaataatctttgattaaaatttttctttaggattatttttattgatttttccgagaagtatatttttataaaatgattttgtttactttgattttttttaatgtctcagaaatcagcaaactttacattttaaagctatttaaaaaaaaatgatcatttatgtttgaggttgttgctttttttaagttttacaaatagtgatagcgaagttattttttaattcatttagcatttaagtatttgtacattttttttccttaaaaaataatgatgagaatgaaaaacttttttatgttcatctgcaatgccttataattttatatttaatgcaaaacaaactaaaatatatttgaattctgcagaacagactataattatgttactgctttgattttattgtaactgtttttgtttgtgaaaaaaaaattggtcaaggtatgggatatcttatgttatttctgtgtagataagtaactttttgatttattctcaaatttttcattaaatattttactatcaatttttaaagggttaatatatttaattatattggtaaattagtatgtatgcattttttttaaatgtctcattcgtcaacaaatgatgagagaagaaacaagttgtctttcagtattgccttggtttcataaatatgtacgattctcaacacatgtgtatatagtgcatatttaatcacggcataaatgtaatcatgcacgagaagtttaatcattgcttaaaatatagcttataggacccggtagctgtacgagccaaatggtgttgcatgtattcctaccattcctttttatttttatggtatttaactaaatatccagctcttatttattaggcaaataactgtcttgaatgttttatttttgatgtccaaggaagaatagaggctttttaaaaaaagctttctaatatcttcctgcaaatttattggaaaagattaatgtgca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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596.
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