2024-04-23 15:28:53, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)
LOCUS XM_033422144 15647 bp mRNA linear MAM 02-MAR-2023 DEFINITION PREDICTED: Orcinus orca argonaute RISC catalytic component 3 (AGO3), transcript variant X2, mRNA. ACCESSION XM_033422144 VERSION XM_033422144.2 DBLINK BioProject: PRJNA854208 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Orcinus orca (killer whale) ORGANISM Orcinus orca Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Odontoceti; Delphinidae; Orcinus. COMMENT MODEL REFSEQ: This record is predicted by automated computational analysis. This record is derived from a genomic sequence (NC_064559) annotated using gene prediction method: Gnomon, supported by mRNA evidence. Also see: Documentation of NCBI's Annotation Process On Aug 2, 2022 this sequence version replaced XM_033422144.1. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI RefSeq Annotation Status :: Updated annotation Annotation Name :: GCF_937001465.1-RS_2023_02 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 10.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA Annotation Date :: 02/27/2023 ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..15647 /organism="Orcinus orca" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:9733" /chromosome="1" gene 1..15647 /gene="AGO3" /note="argonaute RISC catalytic component 3; Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 3 mRNAs, 14 Proteins" /db_xref="GeneID:101279701" CDS 155..2596 /gene="AGO3" /codon_start=1 /product="protein argonaute-3 isoform X2" /protein_id="XP_033278035.1" /db_xref="GeneID:101279701" /translation="
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misc_feature 230..514 /gene="AGO3" /note="N-terminal domain of argonaute; Region: ArgoN; pfam16486" /db_xref="CDD:435368" misc_feature 542..694 /gene="AGO3" /note="Argonaute linker 1 domain; Region: ArgoL1; pfam08699" /db_xref="CDD:430160" misc_feature 695..1057 /gene="AGO3" /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is an endonuclease that plays a key role in the RNA interference pathway. The PAZ domain has been named after the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region: PAZ_argonaute_like; cd02846" /db_xref="CDD:239212" misc_feature order(851..853,896..898,938..940,950..952,1004..1006, 1025..1027,1031..1033) /gene="AGO3" /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide binding]; other site" /db_xref="CDD:239212" misc_feature 1190..2467 /gene="AGO3" /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is the central component of the RNA-induced silencing complex (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the C-terminal portion of Argonaute and consists of two subdomains, one of which provides the...; Region: Piwi_ago-like; cd04657" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1601..1603,1613..1615,1649..1660,1667..1669, 1691..1693,1700..1702,1712..1714,1724..1726) /gene="AGO3" /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]" /db_xref="CDD:240015" misc_feature order(1805..1807,1811..1813,2021..2023,2435..2437) /gene="AGO3" /note="active site" /db_xref="CDD:240015" polyA_site 15647 /gene="AGO3" /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]" ORIGIN
ccagaagacctggctatggcaccatgggcaaacccattaaattgctggctaactgttttcaagttgaaattccaaagattgatgtctacctctatgaggtagatattaaaccagacaagtgtcctaggagagtgaacagtctgtgcaccagagcatgatggagtcaaaagacttggtaccagaatataggaagtggtggttgagggaggtggttgactcaatggttcagcattttaaagtaactatatttggggaccgtagaccagtttatgatggaaaaagaagcctttacacagccaatccacttcctgtggcaactacaggggtagatttagatgttactttacctggggaaggtggaaaagatcgacctttcaaggtgtcaatcaaatttgtctctcgggtgagttggcacctactacatgaagtactgacaggacggaccttgccagagccactggaattagacaagccaatcagcactaatcctgtccatgccgttgatgtggtgctacgacatctgccctccatgaaatatacgcctgtggggcgttcctttttctcagctccagaaggatatgaccaccctctgggagggggcagggaagtttggtttggattccatcagtctgttcggcctgccatgtggaaaatgatgcttaatattgatgtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgacattcataatattgatgagcagccaagacctctgactgattctcatcgggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggagcagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagcaacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaggagtttcaatttaaagttcgggatgaaatggcccacgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccagtatggtggccggaatcggacagtagcaacaccaagccatggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgcagagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcgtaagatttctaaagatgcagggatgcccatccagggccagccttgcttctgcaaatacgcacagggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacgtactctgggctacagctcattattgtcatcctgccagggaagacaccagtgtatgcggaggtgaaacgtgttggagatacacttttgggtatggctacacagtgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctaaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccaccagctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctacagtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggaccttgcctccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaaacctactcgtatcatcttttatcgggatggtgtttcagagggacagtttaggcaggtattatattatgaactactagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacttacattgtagttcagaagagacatcacactcgattattttgtgctgataggactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacagttgatacagacattacacacccatatgagtttgatttttacctctgtagccatgctggaatacagggtaccagccgtccttcacactatcatgttttatgggatgataactgctttactgcagatgaacttcaactgctaacttaccagctctgccacacttacgtgcgctgcacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtagcatttagagccagatatcatcttgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaagaatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcaacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgagtggggatgcctccagccatacagaaaccaacactgtgtgggggccagggtatgatctttatgttgatacaaggaagattgtttacttcatcaaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcgatcatttagttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgatggttttttaaaaaacacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaattatgtgtgcaaaaaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtatattttacttatatacatgcatactgcatatgcatatatatctgtatctacactgataatagatatatatgtatctctgtatatattttatagctcattccattggggaactttctttcccttttattatcctcccaccaccactatgatttctctctctaccgcccttgccttcatcacctacatttgtttttccctgatgctaccagtaacattcagatgttcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacgccctactcctgtcttgtctcatacataattctgagtcctcaactcttggtattgctttcttaagaaactatatatatatatacacacatatatatataaaaaatatgtttttgtgagagtgaatgtctgccccctcctgctctcaacttacatttgccatttgtgcaatgtgtacataagcagtagcaacctaaactattctttttctctagtgagtttgttaaagctgctataaatatataaaaaaaaaaacacacaactttgtcagaagttgtaactctatatataagcgatatgtattctaaagtcttctgtttctatgtgttatacatggaaatcccttaaaacttttacaaagggtaaatattttaaatgattggaactgtgtagggttgaggcctctgaaattgggtggagagaagggattgtggagggtttttttggttttttttttactagtttatttgctgcctctcataccttaatgtgattttcatatatatatatttttatatatatgtgtgttgtatatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttttatatttattagaatagtgctttaataattatagaatcatattggcaacatcttttatagaaatataatcatgtttattttaagaactgacaacttgtttttgctctcttttagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgtttgacatctttaccacagatagtgggagaaacaggcacctccataattttaaaagggcaaagtatatagccttaatttcagaaggaaagttttgtaattttcaagtttaaagcatgtcttataaaaatcataatgaaaatgaaggaagttaaatttcctaaatgagtgttgaccttgaatattagaaataaagttgaagaactttgatttaagtaatgacagcaactagctttagatttagaagatatttaaattctttgaaaataaatcatgtttattgaagaatcatactggtaaggtgcccattttcacttactaacatgagtcaggaaaatataaaatgatattttaaaaactttttttgctaattcatcaccagtgtaactttccttttaaaattagggtgatggtgacaaaggaagttaggactttgagcatttgaaattagttaaatcactgaaatgttgaaaaaagttttgcaaaacttttgttttattgacttcactttaagatattaaaaaatactataaagctgtcaaaaccaagtttatcagtaaccttggattcaggggagctttgcactttgtaactcatgaaaatagcattttaattttttttttttttttgcactggttcagagtatagatattacagattgtttccagtgggcattgttgttaacctttcagaattccatctgcacatgaaaacaaatggattagctctttagttctctcttacctataatccacacttattgccaatttactgtattttgagcctaaaatctgagcccatatcctccaacaggtatgaaatcttttgtccctctgccagaaaactaagaaagtactgtattttgtatgtttattatattgaagtgtatgaaatgcaatttacaacactgttttaaagctctttacataaggtaatgtt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Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
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