GGRNA ver.2 Home | Help | Advanced search    Previous release (v1)

2024-05-05 19:10:01, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)

LOCUS       XM_055936800            5380 bp    mRNA    linear   VRT 08-MAY-2023
DEFINITION  PREDICTED: Salvelinus fontinalis uncharacterized LOC129864137
            (LOC129864137), transcript variant X2, mRNA.
ACCESSION   XM_055936800
VERSION     XM_055936800.1
DBLINK      BioProject: PRJNA962531
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Salvelinus fontinalis (brook trout)
  ORGANISM  Salvelinus fontinalis
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Protacanthopterygii;
            Salmoniformes; Salmonidae; Salmoninae; Salvelinus.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_074674) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI RefSeq
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: GCF_029448725.1-RS_2023_04
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 10.1
            Annotation Method           :: Gnomon; cmsearch; tRNAscan-SE
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            Annotation Date             :: 04/27/2023
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..5380
                     /organism="Salvelinus fontinalis"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="EN_2023a"
                     /db_xref="taxon:8038"
                     /chromosome="10"
                     /sex="female"
                     /tissue_type="heart"
                     /dev_stage="smolt"
     gene            1..5380
                     /gene="LOC129864137"
                     /note="uncharacterized LOC129864137; Derived by automated
                     computational analysis using gene prediction method:
                     Gnomon."
                     /db_xref="GeneID:129864137"
     CDS             193..2973
                     /gene="LOC129864137"
                     /codon_start=1
                     /product="uncharacterized protein LOC129864137 isoform X2"
                     /protein_id="XP_055792775.1"
                     /db_xref="GeneID:129864137"
                     /translation="
MIGGVVVMVILIGVVVMVIMIGGVVMVILIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMLGGVVMMVIMIGVVVMVIMIGGVVMVILIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVILIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMVILIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMVIMLGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVMVIMIVGVVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVMIIMIGGVVVMVILIGGVVVMVMIGGVVVMVILIGGVVVMVIMIGVVVMIIMIGGVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVVMVIMISGVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVVTVIMIGDVVVMVIMIGDVVVMVIMIGVVVMVIMIGVVVMVILIGGVVVMVILIGGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMVILIGGVVVMVIMIGVVVMVIMIGVVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVMVIMIGVVVMVIMIGGVVVMVIMIGVVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVMMVIMIGGVVMVIMIGGVVVVIMIGGVVVMVILIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMMVILIGGVVVMVILIGGVVMMVIMIGGVVMMVIMIGGVVMVIMIGGVVVVIMIGGVVMVIMIGGVVVMVILIGGVVMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMMVIMIGGVVVMVIMIGGVVMVILIGGVVVMVVIMIGGVVMVILIGGVVMMVIMIGGVVMMVIMIGGVVMVIMIGGVVMVIMIGGVVMMVIMIGVVVMVILIGGVVVLVIMIGGVVVM"
ORIGIN      
ttctcaagttagtgtgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgaagaagaagatagttgtggtggtgatgaatattggtgtagtgatgaatattggtgtagtgatgaatattggtgtggtgatgatgatgatgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtgatggtataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtgttgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgttaggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtgttgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgttaggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgatagttggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatgataataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatgataataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataagtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgacggtaataatgataggtgatgtggtggtgatggtaataatgataggtgatgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgattggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtgatgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtattggtaataatgataggtggtgtggtggtgatgtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatgtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtaatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgaggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgaggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgaggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtgataatgttaggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtgtggtgatggtaataatgataggtgttgtggtgatggtaataaggataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtgatgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatggtgataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtggtgatggtggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaatattgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatggtaataatgataggtggtgtggtgatgatggtaataatgatag
//

by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).

If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596. [Full Text]