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2024-03-28 19:49:12, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)

LOCUS       XM_040231612           17295 bp    mRNA    linear   MAM 20-MAR-2021
DEFINITION  PREDICTED: Oryx dammah argonaute RISC catalytic component 3 (AGO3),
            transcript variant X4, mRNA.
ACCESSION   XM_040231612
VERSION     XM_040231612.1
DBLINK      BioProject: PRJNA694191
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Oryx dammah (scimitar-horned oryx)
  ORGANISM  Oryx dammah
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia;
            Pecora; Bovidae; Hippotraginae; Oryx.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NW_024070212.1) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: Oryx dammah Annotation Release 100
            Annotation Version          :: 100
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 8.6
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..17295
                     /organism="Oryx dammah"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="SB20612"
                     /db_xref="taxon:59534"
                     /chromosome="Unknown"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="liver"
                     /dev_stage="adult"
                     /country="USA: Front Royal, Virginia"
     gene            1..17295
                     /gene="AGO3"
                     /note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence
                     includes similarity to: 549 long SRA reads, 3 Proteins,
                     and 98% coverage of the annotated genomic feature by
                     RNAseq alignments, including 4 samples with support for
                     all annotated introns"
                     /db_xref="GeneID:120856379"
     CDS             2569..4449
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X3"
                     /protein_id="XP_040087546.1"
                     /db_xref="GeneID:120856379"
                     /translation="
MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"
     misc_feature    2569..2910
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(2704..2706,2749..2751,2791..2793,2803..2805,
                     2857..2859,2878..2880,2884..2886)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    3043..4320
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(3454..3456,3466..3468,3502..3513,3520..3522,
                     3544..3546,3553..3555,3565..3567,3577..3579)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site [active]"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(3658..3660,3664..3666,3874..3876,4288..4290)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
ORIGIN      
ctcctctcctttattaactagttttagccaacatagtattattatattgttcattatgattttacttaaatttctactacttgactctcaactttgactctgttgctataaagtgtgccctcagttagtttattctactttttatgattgttctgtttttcgtgtatttgtatatactgttattcccatggttttgagcatgtaacagttacattccatttgtgttcatcttaaatctacagttatatgtattggtgctaattgcaagtccttttgctaaaatgtttccggtcatctcttggttgcagtttgtcctcaagttacttcaggccttcctgaagtgacttccttactcatatgagtaagaactgaggttttttgcatattgaaaaccatttgtctatagccttattcctaaaggggactgcttggttagacataaaatgattgaatcacactttttttttctaattctgttttcttattgaagtatggttgatatacaaattgtgccagtatctactgcacagcatagttactcagctatagatgtatatacattctttttttaaaaaatattcttttccattatggcttatctgaattacactttcttgagatactttcttgagatacactttctgatagatactttcccactgtcttctgacactgaattttcagtagagaattaggatgtcagctgattttcttgtcccttataagtacctactttttttgtctgattgctgaaaatattttttacaattattttgctagatttttttcttcaatgttgactattttgagtcagttttatttaaaacatgggatcccctttgaggatgtaggttcaactcttttatctttttttttttttaatctgtcattttattttctttttaaaaaattctatcctgctgttctttactgtttcttttatggtataatttttaccatttgctcattgtagttttgtcttcatttttttaatttaaaaagtctttttcttccatttctttcatgagttctgcagtgcttatttcattttctcctcttagctgtttgtctttccctgagttcttaaatttctgctctgagatctttcttcatagctgcattaagaaatttcggattcatattgaaaactagtgttatagttttatctattttgtagtggtgtattctgttgagttttctttgtccgggatgttgtgctgcttttttacattttttaaatggtatttttgtatggatacttgcctcttttgttacttgtatttgagtgagataagttttctcaaaccacctattagaagaaactggagtgggagaaggaggtgggacaggacattaggagcaaggtgcttttccaggtttctctgctcaagacctctattctcttctgttctgatggattctttcttcagaataaagccacatctcctttgcctctcagtaatatatgtttaaggactttctgctaccaaggaatttagctcttgccttttaaagtatgtgctcaaatgttaacagttagagaatctgtgaagggtatatggtagttcattgtactattcattcaacttttcttcaagtttgaaattacagagggacaatgcatgccttggttttaaaagggagtcctatctgagacctgtcacttctagttcaccctcaattgactctcatgacactttctacactcctttctctacttccttctgagattcccccattcagtttcagtactaaacactgcagttcccatttaggataagaccctctctttctggagtgaaaatttgctgctgttgccccattagagtttctttcatctttcatgactttctcctttgcagaggttcccaagtattttgggccatatttacttacagtttggcactttcaggttttaattgtctcctaggttcattgaagatatagggtttcttctcttttcttttttctctctcttttcagattatctttgttggtctgtaatgagttctagggggaaagtgggaaattttggaaataaactgttgctattttcctattggaacttacaaagttctgctttggatattacaaaaatttctaaataactcattggtcgaagaaaattttaaatattttaaactaaagagtaatgaaaatagtacataccagaattggtatgattagctaaagcaattcttagaatttaaaaccttaaatgcctattagaaagggagaaaagcatcaatgacctatatattcatcttaataagttagaaaaataacataattaaatgcaaagaaaaatagaaggaaataagagtttaaaaaaattaatgaaatagaaaacaaatttacctctatcctgtacgtaggaagacttcaaaaattttaaagaaggatagtgacatgatcatatttgttttccagaaagagacctctggcagcagtgtggagaatagatagaggagaaaaaaactaatctgagaagccagttaggaggctttttcaatcactagttcagtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgatatacataatattgatgagcaaccaagacctctgactgattctcatagggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaatatcgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggaacagaaacatacctacctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagccacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaagagtttcaatttaaagttcgagatgaaatggctcatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccaatatggaggccggaaccggactgtagcaacaccaagccatggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgtagagaagaaatattgaagggttttaccgaccagctgcggaagatttccaaggacgcagggatgcccatccagggccagccttgcttctgcaaatacgcgcagggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacctactcagggctgcagctcattattgttatcctgcctgggaagacgccagtgtatgcggaggtgaaacgtgtcggagatacacttttgggtatggctacacaatgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctgaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccgccagctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctaccgtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggacctcgcctccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaagcctactcgtatcatcttctatcgggatggtgtttcagaggggcagttcaggcaggtattatattatgaactcctagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacctacattgtagttcagaagagacaccacactcgactgttttgtgctgatagaactgaaagggttggaagaagtggcaatatcccagctggaacaacggtcgacacagacattacccacccgtatgagtttgatttttacctctgtagtcatgctgggatacagggtaccagccgaccttcacactatcatgttttgtgggatgataactgctttactgcagatgaacttcagctgctaacttaccagctctgccacacttacgtgcgctgtacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtggcgtttagagccagatatcatctcgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaagctctcgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaaggatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcgacatgcaacttatgtttccagtggagtcagctgggtgaggatgcctccagccatacagaaaccaacactgcatgggggccagggtctgattttatgttgatgcaggaagattgtttacttcatcgaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcggttgttttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgaaggttttttttttttttttaaaaaaaactacacctatatgaataatcaaagtgattgttcacaatgatgtgtgcaaaaaaattaatgtgcattcatgtattcttgtaaaagttatctgtatattttacatatatacatgcatactgcatatgcatatatatctagatctacactgatagtagatatacatgcat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Naito Y, Bono H. (2012)
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