GGRNA ver.2 Home | Help | Advanced search    Previous release (v1)

2024-05-05 23:20:30, GGRNA.v2 : RefSeq release 222 (Jan, 2024)

LOCUS       XM_032441822            1818 bp    mRNA    linear   VRT 18-FEB-2020
DEFINITION  PREDICTED: Coturnix japonica NADH-ubiquinone oxidoreductase chain
            2-like (LOC116652677), mRNA.
ACCESSION   XM_032441822
VERSION     XM_032441822.1
DBLINK      BioProject: PRJNA314147
KEYWORDS    RefSeq; includes ab initio.
SOURCE      Coturnix japonica (Japanese quail)
  ORGANISM  Coturnix japonica
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda;
            Coelurosauria; Aves; Neognathae; Galloanserae; Galliformes;
            Phasianidae; Perdicinae; Coturnix.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NW_015439980.1) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: Coturnix japonica Annotation Release
                                           101
            Annotation Version          :: 101
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 8.3
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            ##Genome-Annotation-Data-END##
            
            ##RefSeq-Attributes-START##
            ab initio :: 2% of CDS bases
            ##RefSeq-Attributes-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..1818
                     /organism="Coturnix japonica"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="7356"
                     /db_xref="taxon:93934"
                     /chromosome="Unknown"
                     /sex="male"
                     /tissue_type="blood"
                     /country="France: Tours, INRA PEAT"
     gene            1..1818
                     /gene="LOC116652677"
                     /note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence
                     includes similarity to: 97% coverage of the annotated
                     genomic feature by RNAseq alignments"
                     /db_xref="GeneID:116652677"
     CDS             97..1818
                     /gene="LOC116652677"
                     /codon_start=1
                     /product="NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2-like"
                     /protein_id="XP_032297713.1"
                     /db_xref="GeneID:116652677"
                     /translation="
MVPIMTMVMVLMVTMMVIMVILVTLMVILVTLMVILVILVTMMVIMVTMMVIMVTLMVIMVIMLTTMVIMVTLMVIKVIMVIMETMMVILVTMMLIMVTMMVIMVIMVTMMVLMVILVTMMVIMVTMMVIMVILVTMMVIMVTLMVIWVTMMLIMVTMMVTMVTLMVIMATMMVIMVILVTMMVIMVMMMVLMVILVTMMVILVTMMPILVTMMVIMMILVTMMVIMVTLMVILVTMMLIMVTMMAILVTMMVVLVTMMVIMVTLMVLMVILVTMMVIMVTMMVIMVIMVTMMVLMVILVTMMVILVTMILIMVILVTMMVILVTMMVIMVTMMVIMVILVTMMVIMVITVTLMVIIMIMLTTMVIMVTMMVTMVIMVTQMVIKVIMVIMETMMVIMVTMMVIMVTLMVLMVILVTMMVLMVISVTMMAIMVTLMVLMVIMVLMVTMMVLMVTMMVIMVILVTMMVIMVTLMVILVIWVTMMVILVTMMVIMVTLMVIMVIMMVIMVILVTMMVIIVIMMLLMVILVTMMVIMIILVTMMVIMVTMMVIMVTLMVIMVIMMVLMVTALSAVSS"
ORIGIN      
taatggtgataatggtgttaatggtgattatggtgttaatggtgataatggtgacatcccccccaggtgacggcgttatccgcagtgatagtaataatggttcccattatgacaatggtgatggtgctaatggtcacaatgatggtgataatggtgatattggtcacactgatggtgatattggtgacactgatggtgatactggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgataatggtgataatgctgacaacaatggtgataatggtgacactgatggtgataaaggtgataatggtgataatggagacaatgatggtgatattggtcacaatgatgctgataatggtcacaatgatggtgataatggtaataatggtgacaatgatggtgttaatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtgacaatgatggtgataatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgatatgggtcacaatgatgctgataatggtcacaatgatggtgacaatggtgacactgatggtgataatggccacaatgatggtgataatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtgatgatgatggtgttaatggtgatattggtcacaatgatggtgatattggtcacaatgatgccgatattggtcacaatgatggtgataatgatgatactggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgatattggtcacaatgatgctgataatggtcacaatgatggcgatattggtcacaatgatggtggtattggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgttaatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtcacaatgatggtgataatggtaataatggtcacaatgatggtgttaatggtgatactggtcacaatgatggtgatattggtcacaatgattttgataatggtgatattggtcacaatgatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtcacaatgatggtgataatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtgataacggtgacactgatggtgataattatgataatgctgacaacgatggtgataatggtgacaatgatggtgacgatggtgataatggtgacacagatggtgataaaggtgataatggtgataatggagacaatgatggtgataatggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgttaatggtgatattggtcacaatgatggtgttaatggtgatatcggtcacaatgatggcgataatggtgacactgatggtgttaatggtgataatggtgttaatggtgacaatgatggtgctaatggtcacaatgatggtgataatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgatactggtgatatgggtcacaatgatggtgatattggtcacaatgatggtgataatggtcacgctgatggtgataatggtgataatgatggtgataatggtgatattggtcacaatgatggtgataatagtgataatgatgttgttaatggtgatattggtcacaatgatggtgataatgattatattggtcacaatgatggtgataatggtcacaatgatggtgataatggtgacactgatggtgataatggtcattatgatggtgttaatggtgacggcgctatccgcagtgagcagctga
//

by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).

If you use GGRNA in your work, please cite:
Naito Y, Bono H. (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res., 40, W592-W596. [Full Text]