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2020-04-06 10:12:05, GGRNA.v2 : RefSeq release 99 (Mar, 2020)

LOCUS       XM_022575222           16418 bp    mRNA    linear   MAM 16-SEP-2019
DEFINITION  PREDICTED: Delphinapterus leucas argonaute RISC catalytic component
            3 (AGO3), transcript variant X5, mRNA.
ACCESSION   XM_022575222
VERSION     XM_022575222.2
DBLINK      BioProject: PRJNA407951
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Delphinapterus leucas (beluga whale)
  ORGANISM  Delphinapterus leucas
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Cetacea;
            Odontoceti; Monodontidae; Delphinapterus.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NW_022098066.1) annotated using gene prediction method: Gnomon,
            supported by mRNA evidence.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            On Sep 16, 2019 this sequence version replaced XM_022575222.1.
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: Delphinapterus leucas Annotation
                                           Release 101
            Annotation Version          :: 101
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 8.2
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            ##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..16418
                     /organism="Delphinapterus leucas"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="GAN/ISIS: 26980492/103006"
                     /db_xref="taxon:9749"
                     /chromosome="Unknown"
                     /sex="female"
                     /tissue_type="blood"
                     /dev_stage="adult"
     gene            1..16418
                     /gene="AGO3"
                     /note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence
                     includes similarity to: 2 mRNAs, 9 Proteins, and 100%
                     coverage of the annotated genomic feature by RNAseq
                     alignments, including 2 samples with support for all
                     annotated introns"
                     /db_xref="GeneID:111175573"
     CDS             1479..3359
                     /gene="AGO3"
                     /codon_start=1
                     /product="protein argonaute-3 isoform X3"
                     /protein_id="XP_022430930.1"
                     /db_xref="GeneID:111175573"
                     /translation="
MCEVLDIHNIDEQPRPLTDSHRVKFTKEIKGLKVEVTHCGTMRRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLENGQTVERTVAQYFREKYTLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLVRSANYETDPFVQEFQFKVRDEMAHVTGRVLPAPMLQYGGRNRTVATPSHGVWDMRGKQFHTGVEIKMWAIACFATQRQCREEILKGFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVIKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRPSVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSIAAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIQDLASMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVSEGQFRQVLYYELLAIREACISLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADRTERVGRSGNIPAGTTVDTDITHPYEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNCFTADELQLLTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYAHLVAFRARYHLVDKEHDSAEGSHVSGQSNGRDPQALAKAVQIHQDTLRTMYFA"
     misc_feature    1479..1820
                     /gene="AGO3"
                     /note="PAZ domain, argonaute_like subfamily. Argonaute is
                     part of the RNA-induced silencing complex (RISC), and is
                     an endonuclease that plays a key role in the RNA
                     interference pathway. The PAZ domain has been named after
                     the proteins Piwi,Argonaut, and Zwille; Region:
                     PAZ_argonaute_like; cd02846"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    order(1614..1616,1659..1661,1701..1703,1713..1715,
                     1767..1769,1788..1790,1794..1796)
                     /gene="AGO3"
                     /note="nucleic acid-binding interface [nucleotide
                     binding]; other site"
                     /db_xref="CDD:239212"
     misc_feature    1953..3230
                     /gene="AGO3"
                     /note="PIWI domain, Argonaute-like subfamily. Argonaute is
                     the central component of the RNA-induced silencing complex
                     (RISC) and related complexes. The PIWI domain is the
                     C-terminal portion of Argonaute and consists of two
                     subdomains, one of which provides the...; Region:
                     Piwi_ago-like; cd04657"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(2364..2366,2376..2378,2412..2423,2430..2432,
                     2454..2456,2463..2465,2475..2477,2487..2489)
                     /gene="AGO3"
                     /note="5' RNA guide strand anchoring site; other site"
                     /db_xref="CDD:240015"
     misc_feature    order(2568..2570,2574..2576,2784..2786,3198..3200)
                     /gene="AGO3"
                     /note="active site"
                     /db_xref="CDD:240015"
ORIGIN      
agaggagaaaaaaactaatctgagaagccagttaggaggctttttcaatcactagttcaggtaagagatggtgatggtctaatgtgggatggagaggaaggaacatattacaaagattaagttgaaaaaataggtttaaaaaccatgtccagaaaaaaactttgggtatagttactggtacatggaactgattggaaatgaagagaccagaaggtttactaggtttttgaaggaattggtttttggaagtaaagctacaatcttagtgtattaggttcaaccagagaagcagaaccagtaggagacacatagagagagagagcgattgggcttacacagttgtaggggctaggtagtcaagtctgaaatccttagggtaggctatcaggaagggcaggctagaacacatgggtatgggctgtagctgctgtccataggtggaatttcttctctctcttggggatacctcagccccgtttttaaggcctttcaactgactaaatgaggccaactcagattatccaggataatatccctttaattacatctataaaatatcttcacagcaatacctagattagtgtttgattgaataactgacaagtagtagcctagccaaactgacatattaaaaataaaaaaacaaaaccccatacctggcctacagaattctatgattattcagtctttgaaacaaccttcatattcccaaaccttcagtgactgtgctagctaactgtgctggcttttataaactagctttcaagaagggcatactcaccaacatacattcagaatagtgactcattcataccaggtatgaatgataatactgaatatgggaggtaggtctgctgttgctggttagctggcagtatataccatgtataaatatgtcaaatgtaaatatgtctaaagcttgaggattctatggaacatatggacagaatcatctagtatgtagttggaaatgcagatgtgaaaatctgtagtggtgtgagctaaaagtaaaagttttgggactccttagtatataaatccatatttgaaactctgaaaatggaagaactttagaaatgtatttagattgaaaacaggaatgaaaaggttagagccatggagaatactggcatttaaggaagaggaaccagtgagcaattaatgattatcacaggcagtatgagagccaagaaatggtgtcaaggaagccaagggaggaaacattcagagagtagattttacagttaagcgccggagcttttccagtaaaatcaagagtaagacaaggatgtcagtactatgatatttagtcactattgtgtttgctaacttctgttcttcttacaggtttcagtctacatgttacttccttgagaagcagtatttgacacccttcttgccccccatccagccattcccccaagtctgagttagtttctgccactgccttctacaaagcacaacctgtaattcagttcatgtgtgaagttcttgacattcataatattgatgagcagccgagacctctgactgattctcatcgggtaaaattcaccaaagagataaaaggtctgaaggttgaagtgactcattgtggaacaatgagacggaaataccgtgtttgtaatgtaacaagaaggcctgccagtcatcaaacctttcctttacagttagaaaatggccaaactgtggagagaacagtagcacagtatttcagagaaaagtatactcttcagctgaagtacccacaccttccctgtctgcaagtggggcaggagcagaaacatacctatctgccactagaagtctgtaatattgtggcagggcaacgatgtatcaagaagctaacggacaatcaaacctccactatgatcaaagcaacagcaagatctgcaccagatagacaagaggaaattagcagattggtaagaagtgcaaattatgaaacagatccatttgttcaggagtttcaatttaaagttcgggatgaaatggcccatgtaaccggacgcgtacttccagcacctatgctccagtatggtggccggaatcggacagtagcaacaccaagccacggagtatgggacatgcgagggaaacagttccacacaggagttgaaatcaaaatgtgggctatagcttgttttgccacacagaggcagtgcagagaagaaatattgaagggtttcacggaccagctgcgtaagatttctaaagatgcagggatgcccatccagggccagccttgcttctgcaaatacgcgcagggggcagacagcgtggagcccatgttccggcatctcaagaacacgtactctgggctacagctcattattgtcatcctgccagggaagacaccagtgtatgcggaggtgaaacgtgttggagatacacttttgggtatggctacacagtgtgttcaagtcaagaatgtaataaaaacatcccctcaaactctctcaaacctgtgcctaaagataaatgttaaacttggagggatcaataatattcttgtacctcatcaaagaccttctgtgttccagcaaccagtgatctttttgggagcagatgtcactcatccaccagctggtgatgggaagaagccttctattgctgctgttgtaggtagtatggatgcccacccaagcagatactgtgctacagtaagagttcagagaccccgacaggagatcatccaggaccttgcctccatggtccgagaacttctcattcagttttataagtcaactcggttcaaacctactcgtatcatcttttatcgggatggtgtttcagaggggcagtttaggcaggtattatattatgaactactagcaattcgagaagcctgcatcagtttggagaaagactatcaacctggaataacttacattgtagttcagaagagacatcacactcgattattttgtgctgataggactgaaagggtcggaagaagtggcaatatcccagccggaacaacagttgatacagacattacacacccatatgagtttgatttttacctctgtagccatgctggaatacagggtaccagccgtccttcacactatcacgttttatgggatgataactgctttactgcagatgaacttcaactgctaacttaccagctctgccacacttacgtgcgctgcacacgatctgtttctatacctgcaccagcgtattatgctcacctggtagcatttagagccagatatcatcttgtggacaaagaacatgacagtgctgaaggaagtcacgtttcaggacagagcaatggacgagatccacaggctcttgccaaggctgtacagattcaccaagataccttacgcacaatgtactttgcttaaaaagtctaagaatattctctgagaggaagaactggaagatgaatcaacatacaacttatgtttccagtggagtcagctgagtggggatgcctccagccatacagaaaccaacactgtgtgggggccagggtatgatctttatgtcgatacaaggaagattgtttacttcatcaaggaacacagcaccattatgcaatatgaaaccagccaactgcttttttgtgcggtctcctgtaggaagtatcgcgatcattttgttttcactttcttgtagtctaacccttttaatgcctttacctcaagttgcttggcagcacaactctttgcaaaaaaaaaaaaagtaaagaaaaagtaaatgatggttttttaaaaaacacacgtatatgaataatcaaagtgattgttcacaattatgtgtgcaaaaaatgtgcattcatgtattcttgtaaaacttatctgtatattttacttacatacatgcatactgcatatgcatatatatctgtatctatactgataatagatatatatgtatctctgtatatattttatagttcattccattggggaactttctttcccttttattatcctcccaccaccactatgatttctctctctaccgcccttgccttcatcacctacatttgtttttccctgatgctaccagtaacattcagatgttcatgtatctggttcatttgaatatgaagcatggcaaactagatttttattttgcacgccctactcctgtcttgtctcatgcataattctgagtcctcaactcttggtattgctttcttaagaaactatatatatatatatatatatatatatatacacacatatatatataaaaaatatgtttttgtgagagtgaatgtctgccccctcctgctctcaacttacatttgccatttgtgcaatgtgtacataagcagtagcaacctaaactattctttttctttagtgagtttgttaaagctgctataaatatataaaaaaaaaaaaacacacaactttgtcagaagttgtaactctctatatgagtgatatgtattctaaagtcttctgtttctatgtgttatacatggaaatcccttaaaacttttataaagggtaaatattttaaatgattggaactgtgtagggttgaggcctctgaaattgggtggagagaagggattgtggagggtttttttgggtttttttttactagtttatttgctgcctctcataccttagtgtgattttcatatatatatatttttatatatatgtgtgttgtatatatataaacatatatgtatgtgttttgaagtatagcttccttttcttctatatttattagaatagtgctttaataattatagaatcatattggcaacatcttttatagaaatataatcatgtttattttaagaactgacaacttgtttttgctctcttttagtgcaataagcagttttaaaagaaagctgtgtctgtttgacatctttaccacagatagtgggagaaacaggcacctccataattttaaaagggcaaagtatatagccttaatttcagaaggaaagttttgtaattttcaagtttaaagcatgtcttataaaaatcataatgaaaatgaaggaagttaaa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Naito Y, Bono H. (2012)
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